모든 것이 네트워크로 연결된 미래 도시, 군사독재정권 시아크 공화국의 테러리스트 13인이 자살하는 사건이 벌어진다. ‘공각기동대’로 불리는 공안 9과는 이 연쇄 자살을 ‘전뇌 해킹’을 통한 동일 사건으로 판단하고, 사건의 열쇠를 쥔 해커 ‘꼭두각시 조정자’를 찾아 나선다. 하지만 제1의 용의자로 지목된 시아크 공화국의 독재자 ‘카루마 장군’이 싸늘한 주검으로 발견되고 사건은 점차 미궁 속으로 빠져든다. 그러던 중, 2년 전 행방불명 됐었던 전 멤버 ‘쿠사나기 모토코’가 제2의 용의자로 지목되고, 리더 ‘토구사’의 딸이 납치당하는 등 ‘공각기동대’의 절체절명 위기가 닥쳐오는데…

미국은 날로 증가하는 범죄자를 처리하기 위해 뉴욕의 맨하턴에 뉴욕 최고 안전 교도소(New York Maximum Security Penitentiary)라는 치안 상태가 전혀 없는 무법천지를 만들어 범법자들을 가둬놓게 된다. 1997년, 어느 테러 일당에 의해 핵전쟁과 관련된 중대한 국제 회의에 참석하려던 대통령 전용기가 납치되어 자폭하려는 순간 대통령은 구조용 제트기에 실려 거대한 도시 감옥로 탈출하게 된다. 이에 도시 감옥을 지배하고 있는 듀크라는 자의 지휘하에 범법자들은 대통령을 인질로 잡고 경찰과 협상을 벌이게 된다. 사태의 책임자인 하우크는 무공훈장까지 받은 공수단 출신의 전쟁 영웅 스네이크 플리스켄(Snake Plissken)을 대통령의 구조 임무를 띠고 파견된다. 그는 연방은행 강도죄로 종신형을 선고 받고 이곳 교도소에 입소하려던 중이었는데, 만약 국제 회의에 참석할 수 있도록 22시간 내에 대통령을 구해오면 면죄해 준다는 조건이다. 행글라이더로 거대한 도시 교도소에 잠입한 스네이크는 택시 운전수 캐비와 옛 동료 브레인 등을 만나 함께 대통령 구출전을 펼친다.

자신의 허벅지에 고철을 찔러 넣던 금속 페티시스트가 한 사업가가 운전하던 자동차와 부딪혀 목숨을 잃는다. 남자의 시체를 산 속에 유기한 사업가와 그의 여자친구는 시체를 유기한 자리에서 섹스를 즐긴다. 얼마 뒤, 사업가는 곧 자신의 살이 철로 변하는 사악한 저주에 시달리고 있다는 사실을 깨닫게 되는데...

멀지 않은 미래에 인간이 몸의 각 부분을 인공물로 대체할 수 있게 되고, 심지어 뇌 까지도 대체를 하게 된다. 인간의 영혼이 담겨 있다고 생각하는 ‘뇌’ 까지도 대체를 하게 되면, 과연 ‘인간’ 을 어떻게 정의할 수 있는지에 대한 혼란에 빠지게 된다. 특히, 뇌를 컴퓨터로 대체할 경우, ‘해킹’ 에서 자유로울 수 없기 때문에, ‘조작된 기억’ 과 ‘타인에 의한 조종’ 이 문제될 수 있다.

간호학원에 다니는 하루코는 봉사활동으로 타카자와 노인을 보살펴주고 있다. 어느날 타카자와가 최신형 노인 돌보미 로복 'Z-001호'의 모니터 대상으로 선발된다. 타카자와의 안부가 궁금한 하루코는 문안을 가지만, 수많은 튜브가 연결된 타카자와의 모습에 쇼크를 받는다. 타카자와가 위기에 처했다 생각한 하루코는 타카자와의 지인인 노인 해커의 도움을 받아 Z-001호의 해킹을 시도하는데…

동명의 OVA 시리즈를 극장상영용으로 재편집한 편집판. 화성경찰(MPD)에 부임해온 형사 로스 시리버스는 공항에 도착하자마자 살인사건에 휘말려든다. 범인은 놓쳤지만 시체를 부검하여 엄청난 정보를 얻게된다. 그것은 피해자인 인기 컨트리 가수 케리 맥캐넌이 로봇이라는 사실이었다. 게다가 기술의 수준이 굉장히 높아 지금의 기술력으로는 엄두도 낼 수 없을 정도의 고도화된 기계라는 것. 그로인해 케리 맥캐넌이라는 인물의 진위여부 자체가 미궁으로 빠져버리고 만다. MPD의 지속적인 조사결과 이 로봇은 '서드'라고 불리우는 비합법적인 존재라는 것이 밝혀진다. 누군가가 어떠한 의도를 가지고 만든것이 분명한 것이며 '덩크로드'라고 불리우는 남자가 서드들을 지속적으로 제거하고 있었다. 로스는 소녀와 같은 외견을 가진 형사 나오미 아미티지와 파트너를 맺고 함께 사건을 수사한다.

담배가 금지되어있고 여기저기 감시카메라가 난무하는, 지하 깊숙이 위치한 이상한 나라. 17살 여고생 후지사키 루치노는 몰래 담배를 피우다 큰 화재와 폭발을 일으키고, 도망치기 위해 엘리베이터에 올라탄다. 그녀가 탄 엘리베이터에는 이런저런 종류의 수많은 사람들이 오르내린다. 회사원, 무표정하게 음악만 듣는 남자, 유모차를 끌고 다니는 여자, 귀여운 꼬마와 할머니, 교수... 엘리베이터로 갈 수 있는 맨 꼭대기 층은 1층. 그 1층의 위에는 춥고, 무섭고, 아무것도 없는 세상이 존재한다고 사람들은 말한다. 엘리베이터는 감시국의 요청으로 평소에는 서지 않는 99층에 멈춰 죄수 2명과 간부 1명을 태운다. 그 탑승한 죄수들의 난동으로 인해 엘리베이터는 멈추게 되고, 피와 폭력이 난무한 공포의 장소로 바뀌게 된다. 루치노는 어릴 적 아버지에게 당한 폭행과 강간으로 정신 이상이 생겨버린 소녀이다. 그리고 다른 사람의 입을 통해 그 사람의 과거를 볼 수 있고, 텔레파시가 가능한 초능력소녀. 그러나 이 엘리베이터 안에서 루치노의 그러한 능력은 그녀를 더욱더 어두운 과거에 얽매이게 한다.

2080년 인간과 사이보그의 전쟁은 끝나고 어색한 평화 속에서 군인들은 범죄 조직의 킬러로 활약하고 있다. 그들 중 하나인 알렉스는 상관인 베르나도로부터 은퇴할 것을 강요받는 동시에 콘버토 원콩이라는 자를 살해하라는 마지막 명령을받는다. 임무를 무사히 마친 알렉스는 자신을 배웅 나온 친구 일에 의해 죽을 뻔 한다. 위급한 순간을 넘긴 알렉스는 이 사실을 베르나도에게 보고하고 그는 알렉스에게 그녀를 도울 또 다른 사이보그를 보내겠다고 약속한다. 섬뜩한 예감으로 안절부절 하던 그녀는 베르나도를 기다리는 사이 검은 옷을 입은 이상한 여인을 보게 된다. 한편, 알렉스는 또 다시 그녀를 찾아온 사이보그 클쿠다로부터 그녀가 죽인 자는 콘버토가 아닌 브라질 최고의 범죄조직의 보스 카를로스 메시모의 아들이었음을 전해 듣는다. 그리고 메시모가 건 어마어마한 현상금 때문에 그녀는 전 세계 킬러들의 표적이 되어 있음을 알게 된다. 살아 남을 가능성이 전혀 없음을 깨달은 알렉스는 마지막으로 자신의 옛 애인 쟈니에게 전화를 건다. 그에게 자신을 죽여달라고 부탁하는 알렉스. 그녀는 쟈니가 현상금을 타기를 원했던 것이다. 그러나 그녀를 아직도 사랑하는 쟈니는 베르나도의 하수인이었던 검은 옷의 여인의 목을 대신 가져가 베르나도를 속이려드는데...