Witamy w świecie Animatrix, wizjonerskim połączeniu animacji komputerowej z japońskim anime, które wykreowali najsłynniejsi reżyserzy anime. Poznaj kulisy Matrixa i zobacz ostatnie miasta rodzaju ludzkiego, wojnę z maszynami i ostateczny upadek ludzkości. Weź udział w "Ostatnim locie Ozyrysa", który stał się punktem wyjścia do filmu "Matrix - Reaktywacja" i gry wideo "Enter the Matrix". Zdobądź więcej wiedzy na temat Matrixa, niedostępnej nigdzie indziej. Sięgnij jeszcze głębiej i odkoduj cały arsenał interesujących materiałów dodatkowych. Czas się zalogować.
Podążaj za Neo, który prowadzi zwyczajne życie w San Francisco, gdzie jego terapeuta przepisuje mu niebieskie pigułki. Jednak Morfeusz oferuje mu czerwoną pigułkę i ponownie otwiera jego umysł na świat Matrix.
Akcja filmu rozgrywa się w niedalekiej przyszłości. Sztuczne organy można nabywać na kredyt. Główny bohater zaopatruje się tym sposobem w nowe serce, jednak nie ma wystarczającej ilości pieniędzy, by spłacić swoich dłużników. Jedynym wyjściem okazuje się ucieczka...
John Bolen (Sasha Mitchell) ostatni z nauczycieli androidów, kontynuuje misję oczyszczania szkół z wszelkiego typu wyrzutków zagrażających innym. Tym razem przybywa do malutkiego miasteczka, na zastępstwo za nauczyciela informatyki. Jak zwykle, już kilka dni później, najgorsi uczniowie w szkole zaczynają ginąć.