《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

2112 年新人监视官常守朱和执行官狡噛慎也与以前发生的恶性案件的幕后黑手槙岛圣护相遇。槙岛圣护动摇了维持和平的系统的根基，质疑正义的存在。最后，狡啮对他执行了自己的正义，从此消失无踪。2116 年，日本政府开始向战乱国输入“Sibyl System（西比拉系统）”和无人驾驶机器人，企图让这个系统控制全世界。他们在处于内战状态的 SEAUn（东南亚诸国）实验性地导入了“Sibyl System”，令其治理下的水上都市“香巴拉弗洛特”短暂地得到了平稳和安定的生活。但是，SEAUn 却向日本派出了恐怖分子。恐怖分子偷偷潜入香巴拉弗洛特，企图对中枢发动攻击。其中出现了某名男子的身影。刑事课一系的常守朱奉命前往香巴拉佛洛特进行调查。为这片新土地带来正义的真相。

　　讲述了一群地下的科学家想要发掘人类本能和天性的潜力的故事。发狂的科学家让试验者遭受极端的噪音、痛苦，并让他们生活在极端缺氧的环境中。为了唤醒他们的第一能源，从而将正常的人变成女巫和疯狂的人。当研究的资金出现问题的时候，科学家仍不顾死活，变得更加疯狂，而实验的结果也大大超过了他们的预期。疯狂的代价哪一个更大，谁也无法衡量。

影片承接《黑客帝国3：矩阵革命》的故事，尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）联手归来，继续与AI世界的机械大军展开对抗。在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择。

本片根据埃里克·加西亚小说《重生曼波》（The Repossession Mambo）改编，故事设定在未来，人类已经开始广泛使用昂贵的机器器官来延长生命，这些机器器官全部由一家名为“The Union”的公司垄断制造，他们雇了一群追讨人，专门负责收回付不起钱的顾客的机器器官，哪怕那些人的机器器官被粗暴的取出后生命会陷入垂危。 雷米（裘德·洛）就是工作最出色的一名追讨人，然而在一天执行任务的时候，他因突发的心脏衰竭而奄奄一息，等他醒来后“The Union”公司已经为他换上了最好的机器心脏，而他自己的心脏已经失去功效了。可惜，这个机器心脏不是免费的，雷米必须为其支付一大笔钱，付不起钱的雷米成为了追讨人新的猎物，而负责追讨回他的心脏的正是当初他的搭档杰克（福里斯特·惠特克）。

在前作《Iria:Zeiram the movie》中，Iria费尽力气才把ZIERAM的第一形态击败。之后，研究ZEIRAM的外星势力将ZEIRAM封印到机械外壳中，并希望利用电脑加以控制。被封印到机械外壳中的ZEIRAM第二形态在一开始的实验中就表现出了强悍的战斗势力。但是，它却因为电脑故障而恢复了残暴的本性，并把Iria作为了它的第一目标……

政府研发了一项秘密武器——拳神手套，它能够激活人类大脑中那未被使用的百分之九十部分，从而使使用者爆发超人的能量，十分危险，警察战廿一（张耀扬 饰）成为了手套的首批试用者中的一份子，然而，他的内心不满自己沦为政府操纵的木偶，于是偷走了手套，并且销毁了和手套相关的一切资料。 阿风（元彪 饰）和Dark（郑伊健 饰）企图阻止战廿一的阴谋，最终，阿风和战廿一以及拳神手套均失去了踪迹。一晃眼数年过去，战廿一重出江湖，被洗脑的阿风则成为了他的帮手助纣为虐，战廿一企图利用拳神手套的威力统治世界，却遭到了阿虎（王力宏 饰）和铁男（冯德伦 饰）等人的阻挠，两帮人就此结下梁子。

故事发生在未来的东京，一个被称为“破译者”的年轻黑客因为寄居在自己身体里的只能数据武器而被追杀，智能AI成了她唯一的伙伴，她们最终能否逃离追捕？破译者的结果又是如何？