Naš prijateljski junak iz susjedstva pridružuje se svojim najboljim prijateljima Nedu, M.J. i ostatku ekipe na ljetnom odmoru u Europi. Međutim, Peterov plan da ostavi svoje superjunačke dužnosti na nekoliko tjedana brzo se izjalovi kada nevoljko pristane pomoći Nicku Furyju u otkrivanju napada misterioznih stvorenja koji stvaraju kaos diljem kontinenta.

Nakon međusobne borbe u prvom filmu, mutantski neprijatelji profesor Xavier i Magneto moraju se udružiti da nađu mutanta ubojicu koji je pokušao smaknuti predsjednika dok Mutantsku akademiju napadaju oružane snage.

Dva mutanta, Rogue i Wolverine, dolaze u privatnu akademiju za svoju vrstu čiji se rezidentni superherojski tim, X-Men, mora suprotstaviti terorističkoj organizaciji sa sličnim moćima.