Aastal 2035 mõistis James Cole süüdimatult vabatahtlikult tagasi vabatahtlikud, kes saadeti tagasi, et avastada surmav viirus, mis hävitas peaaegu kogu maakera elanikkonna ja sundis ellujäänud maa-alustesse kogukondadesse. Kuid kui Cole saadetakse ekslikult 1996. aasta asemel 1990. aastasse, arreteeritakse ta ja ta lukustatakse vaimuhaiglasse. Seal kohtub ta psühhiaatri dr Kathryn Railly ja kuulsa viiruseeksperdi poja Jeffrey Goinesega, kellel võib olla salapärase petturirühma - 12 ahvi armee - võti, kes vastutab tapjahaiguse vallandamise eest.
Kuus kuud peale tapva "raevuviiruse" levikut annab USA armee teada, et olukord on saadud kontrolli alla ja edasine oht puudub. Inimesi hakatakse tagasi Londonisse laskma, kuid peagi selgub, et linna on pääsenud ka keegi nakatunu. Tuleb välja, et viirus elab edasi, olles tapvam kui kunagi varem.
Eriagendil Ethan Huntil on uus missioon: hoida ära halastamatu endine agent ja nüüd rahvusvaheline terrorist, et ta saaks kätte surmava viiruse, mis võib Austraalia vallandada, põhjustades miljoneid ohvreid. Selle ärahoidmiseks on tal taas hindamatuks abiks arvutigeenius Luther Stickell, asjatundlik autojuht Billy Baird ja sensuaalne ning eksootiline rahvusvaheline varas Nhye, kellel varem olid kurjategijaga sentimentaalsed suhted ja keda nüüd Hunt meelitab.