Yksinäisen aikamatkaajan, vuodesta 2035, on ratkaistava arvoitus, joka voi pelastaa hänen kansansa – tai tuhota sen. Tappajavirus on tuhonnut maailman väestön lähes kokonaan ja eloonjääneiden on asuttava pimeissä maanalaisissa yhteiskunnissa. Cole lähtee ‘vapaaehtoisena' menneisyyteen löytääkseen puhtaan virusnäytteen, jonka avulla tiedemiehet saattavat kehittää parannuskeinon. Matkallaan hän törmää kauniiseen psykiatriin ja hullunjärkevään mielisairaaseen. Cole taistelee aikaa vastaan etsiessään 12 apinan armeijaa, tappavaan tautiin liittyvää ääriryhmää…
Astronautti Taylor on yhdessä miehistönsä kanssa palaamassa miehitetyltä avaruuslennolta. Kuuden kuukauden aikana he ovat matkanneet valoa nopeammin ja siksi Maassa aikaa on ehtinyt kulua seitsemän sataa vuotta. Mutta menee paluulennolla vikaan - aikaa on ehtinyt kuluakin yli kaksituhatta vuotta ja alus laskeutuu jonnekin tuntemattomalle planeetalle. Taylor, Landon ja Dodge lähtevät tutkimaan planeettaa ja löytävät puhekyvyttömiä, ihmisen näköisiä ”alkuasukkaita”. Suurempi ja epämiellyttävämpi löytö on kuitenkin vielä edessä: aseistetut, englantia puhuvat, ihmisen tavoin käyttäytyvät apinat, jotka hallitsevat koko planeettaa - tai sitä pientä aluetta siitä, missä heillä on lupa liikkua.
Kauhu ja tuho, joka levisi elokuvassa 28 päivää myöhemmin jatkuu. Kuusi kuukautta sen jälkeen kun virus harvensi Lontoon asukasluvun olemattomiin. Järjestys on palautettu ja epidemia kukistettu. Yhdysvaltain armeija auttaa kotiuttamaan pakolaiset kotimaahansa ja asuttamaan saarivaltion uudelleen. Yksi siirtolaisista kantaa hirvittävää salaisuutta, joka uhkaa laukaista kuolemaa kylvävän, verenjanoisen epidemian uudelleen.
Ray Ferrier on New Jerseyssä asuva tavallinen satamatyöläinen. Hänen elämänsä ei ole parhaassa mahdollisessa jamassa. Takana on avioero, nyt jo uudelle miehelleen lasta odottavasta vaimosta, joka kuitenkin pyrkii edelleen kontrolloimaan Rayn elämää. Ray on myös pahasti vieraantunut omista lapsistaan. Teini-ikäinen poika Robbie halveksii isäänsä avoimesti, ja juuri toiselle kymmenelle päässyt tytär Rachelkin hakee mieluummin turvaa äidistään. Kaikkien elämän muuttaa surrealistisen epätodellinen tapahtuma; kaupungissa haukotaan ihastuksesta henkeä, kun lähistölle singahtaa tulipallo. Avaruusolioiden hätkähdyttävän julma hyökkäys Maan asukkaiden kimppuun on alkanut. Tuhannet avaruusalukset alkavat terrorisoida maapalloa, ja tiedemiehet miettivät päänsä puhki suunnitellessaan vastaiskua. Viikonlopuksi Rayn luokse tulleiden lasten turvallisuus on nyt hänen vastuullaan ja Rayn on paettava perheineen henkensä edestä turvaan, hyökkääjien vainotessa kaikkia ihmisiä.
Verenhimoinen palkkasoturi rekrytoi kodittomia sotaveteraaneja "viihdyttämään" asiakkaitaan, jotka maksavat puoli miljoonaa dollaria haastavimman saaliin - ihmisen - metsästämisestä. Tällä kertaa saaliina on Van Damme!
On vuosi 2079. Maa on ollut sodassa ulkoavaruudesta saapuneen muukalaisrodun kanssa yli vuosikymmenen. Nerokkaan tiedemies Spencer Olhamin viimeisin projekti saattaa pelastaa koko ihmiskunnan vieraan vallan ikeestä. Mutta sitten asiat kääntyvätkin päälaelleen: Olhamin epäillään olevan ihmiseksi tekeytynyt muukalaisvakooja! Olham ei pysty todistamaan oikeaa henkilöllisyyttään ja hän joutuu lähtemään pakomatkalle. Viranomaiset aloittavat hurjan jahdin napatakseen huippuvaaralliseksi muukalaiseksi luulemansa tiedemiehen. Olhamin on jotenkin vakuutettava takaa-ajajat siitä, että hän on ihminen - ja vieläpä kykenevä pelastamaan koko planeetan!
Tutkija Susan Tyler onnistuu pysäyttämään tuhoisan epidemian luomalla uuden hyönteislajin. Tämä laji osoittautuu muuntautumiskykyiseksi ja äärettömän älykkääksi. Nyt se lisääntyy New Yorkin metrotunneleissa ja on valmis valloittamaan maailman tuhoten tieltään koko ihmiskunnan.
Maapallo on jälleen kiristyksen kohteena. IMF-agentti Ethan Huntin täytyy uuden tiiminsä kanssa etsiä rikolliseksi kääntynyt ex-agentti Sean Ambrose, jolla on hallussa erittäin vaarallinen Chimera-virus, jolla hän voisi tappaa miljoonia ihmisiä. Virologi Nekhorvich on labrassaan kehittänyt tämän hirviömäisen tappajaviruksen pyrkiessään löytämään lääkkeen influenssaan. Toki mies on keksinyt myös vastalääkkeen, Bellerofonin, jota myös Ambrose tavoittelee isojen seteleiden toivossa. Hunt saa avukseen Nyah Hallin ja Lutherin lisäksi Ambrosen entisen tyttöystävän, jonka Hunt onnistuneesti värvää mukaan estämään Ambrosen aikeet. Tavallista kimurantimmaksi tehtävän tekevät sankarin tunteet kaunista ammattivarasta Hallia kohtaan: tyttö kun pitäisi soluttaa vihollisen petiin vakoilemaan. Apunaan Huntilla on taas vihoviimeisin hyperteknologia, mutta pahikset on varustettu samanmoisin vehkein, ja pian ovat hengenvaarassa paitsi tyttö, myös koko Australian pahaa-aavistamaton väestö.
Jotakin kammottavaa on saapunut maapallolle, jotakin, joka hyökkää kimppuumme, kun nukumme, ja muuttaa meidät sieluttomiksi, keinotekoisiksi klooneiksi. Aika käy vähiin, kun psykiatri Carol Bennell Washington DC:stä ja hänen kollegansa Ben Driscoll lähtevät hyytävälle matkalle painajaismaiseen maailmaan, missä ainoa konsti pysyä hengissä on pysyä valveilla.
Don McCoy istuu meksikolaisessa vankilassa. Hänen kaunis vaimonsa Carol on tarpeeksi kylmäpäinen tekemään mitä vain miehensä vapauttamiseksi. Carol muhinoi vaikutusvaltaisen liikemieskonnan, Jack Benyonin kanssa. Mies lupaa järjestää Docin vapaalle ja suunnitella samalla uuden ryöstön. Keikka onnistuu, mutta petturit yrittävät murhata Docin. Kun Carol ampuu Benyonin, paikat käyvät liian kuumiksi ja edessä on vain yksi vaihtoehto. Rahasaalis mukanaan Doc ja Carol aloittavat hurjan pakomatkan kohti El Pasoa, kintereillään lainvalvojat ja Benyonin kostonhimoiset miehet.