U.C. 0083 - Três anos após o fim da catastrófica guerra de um ano, a paz na Terra e nas colônias é abalada pela presença da Frota Delaz, um grupo militar de Zeon, fiel aos ideais do falecido ditador Gihren Zabi. O piloto da Delaz Fleet, Anavel Gato, uma vez aclamado como "O Pesadelo de Salomão", se infiltra na base da Federação em Torrington, na Austrália, e rouba o protótipo Gundam GP02A "Physalis". O piloto novato Kou Uraki - com a ajuda da engenheira da Anaheim Electronics, Nina Purpleton, e da tripulação da transportadora Albion - pilota o protótipo Gundam GP01 "Zephyranthes" numa tentativa de recuperar a unidade roubada de Gundam e impedir que outra guerra se instale.

Em 2015, a humanidade enfrenta a maior ameaça já conhecida: seres misteriosos chamados Anjos que espalham o pânico e a destruição onde quer que apareçam. Ninguém conhece sua origem ou suas motivações. Para impedir essa ameaça mortal, as Nações Unidas encarregaram a organização secreta Nerv de criar andróides gigantes: os Evangelhos. Nova edição remasterizada com nova montagem que transmite a mais recente visão do diretor Hideaki Anno do primeiro filme de Evangelho. Esta nova montagem inclui algumas cenas redesenhadas, enquanto o segmento Rebirth foi removido da filmagem, permanentemente incorporado ao corte final de "O Fim do Evangelho" (The End of Evangelion).