2024, Δέκα χρόνια μετά τα γεγονότα του «X-Men: Ημέρες ενός Ξεχασμένου Μέλλοντος», ο Λόγκαν έχει υποσχεθεί να αφήσει πίσω του το βίαιο παρελθόν του, ενώ οι δυνάμεις του, που του επέτρεπαν να θεραπεύεται με ιλιγγιώδεις ρυθμούς, έχουν ατονήσει. Αυτό θα αλλάξει όταν μία σατανική οργάνωση, υπό την ηγεσία του Ναθάνιελ Έσεξ, προσπαθεί να χρησιμοποιήσει τους εναπομείναντες μεταλλαγμένους στον κόσμο, μετατρέποντάς τους σε όπλα. Ο Λόγκαν θα χρειαστεί να απελευθερώσει τον Γουλβερίν για να αποτρέψει τα σχέδιά τους, με τη βοήθεια ενός νεαρού κοριτσιού που είναι κλώνος του.
Ο ναυαγός Έντουαρντ Πάρκερ διασώζεται από το πλοίο «Άπια», αλλά λογομαχεί με τον καπετάνιο κι αυτός τον πετάει σε ένα νησί. Το συγκεκριμένο νησί ανήκει στον Δρ Μορό και σύντομα ο Έντουαρντ ανακαλύπτει πως ο παρανοϊκός επιστήμονας αναπτύσσει μια φυλή με απόκοσμα πλάσματα. Το μόνο από αυτά που του προκαλεί θετικό ενδιαφέρον είναι η γυναίκα πάνθηρας. Προσπαθεί να αποδράσει, αλλά τα πράγματα γίνονται ακόμα πιο επικίνδυνα όταν τα πλάσματα επαναστατούν.
Ο δισεκατομμυριούχος βιομήχανος Damian Hale νιώθει άτρωτος και αθάνατος μέχρι τη στιγμή που μαθαίνει ότι πάσχει από καρκίνο. Μόνη του ελπίδα είναι μία νέα ριζοσπαστική ιατρική μέθοδος κατά την οποία η συνείδησή του μεταφέρεται σε ένα υγιές σώμα. Θα του δοθεί μία δεύτερη ευκαιρία ζωής υπό την προϋπόθεση ότι θα κόψει δεσμούς με το παρελθόν του.
Η ταινία περιγράφει την ξεκαρδιστική ιστορία του Ίγκορ, του καμπούρη βοηθού ενός διαβολικού επιστήμονα. Το αφεντικό του Ίγκορ δημιουργεί εφευρέσεις που δεν είναι καθόλου φιλικές προς την ανθρωπότητα, όπως θανατηφόρες ακτίνες, μηχανήματα πρόκλησης σεισμών και ανθρωποφάγα φυτά. Ο Ίγκορ ονειρεύεται να γίνει κι ο ίδιος ένας διαβολικός επιστήμονας, ώστε με την εφεύρεσή του να κερδίσει το πρώτο βραβείο στον ετήσιο διαγωνισμό των Σατανικών Επιστημόνων
Έχουν περάσει 25 χρόνια από τον «Mεγάλο Πόλεμο», και οι ντομάτες είναι ακόμα εκδιωγμένες από τη χώρα. Oι τραυματικές αναμνήσεις από εκείνον τον πόλεμο δεν έχουν φύγει ακόμη. Yπάρχει όμως ο καθηγητής Γκάνγκριν, ένας παρανοϊκός επιστήμονας που έχει καταφέρει να δημιουργήσει άντρες και γυναίκες κλώνους μόνο από ντομάτες, και όχι μόνο αυτό, αλλά μπορεί να δώσει στις ντομάτες όποια μορφή θέλει με σκοπό να κατακτήσει τον κόσμο με σούπερ ντοματοανθρωποειδή. H κοπέλα του δεν είναι άλλη, παρά μια όμορφη μεταλλαγμένη ντομάτα, με σκοπό να φέρνει σε πέρας τα σατανικά του σχέδια. Παράξενα πράγματα αρχίζουν να συμβαίνουν στην πόλη, που δεν θα αργήσει να ξεσπάσει ακόμα μια μάχη γεμάτη από ζουμερές καταστάσεις.
Μετά από αναφορά ότι άνθρωποι και ζώα κατατρώγονται από… μεταλλαγμένες ντομάτες, μια ειδική κυβερνητική ομάδα αναλαμβάνει να διερευνήσει το θέμα και να σταματήσει το φονικό. Σε αυτή την ομάδα είναι ένας υπολοχαγός που δεν πάει πουθενά χωρίς το αλεξίπτωτο του, ένας ειδικός σε υποθαλάσσια ζητήματα που φοράει πάντα τη στολή δύτη κι μια αυθεντία στις μεταμφιέσεις που κρύβει την κανονική του εμφάνιση ντυμένος σαν έγχρωμος Χίτλερ.