يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.

قُتل قاتل من قبل صاحب عملها الذي لا يرحم ، بيل ، وأعضاء آخرون في دائرة الاغتيال - لكنها تعيش لتخطط للانتقام منها.

تدور القصة بعد ألف عام بعد حريق السبعة أيام كانت نهاية الحضارة البشرية وبعدها أصبح البشر يعيشون في مستوطنات منفصلة ومعزولة، لكن بحر الهلاك غابة ضخمة من النباتات والحشرات العملاقة والأبخرة السامة الذي غطى سطح الأرض بالخراب يستمر بالتقدم على سطح الأرض مهددا حياة البشر بالهلاك وقد حاول كثير من البشر إبادة بحر الهلاك إلا أنه وفي كل مرة تظهر أسراب من حشرات الأوهم الثائرة التي سادت في الأرض بسبب أعدادها الكبيرة وقدراتها تهاجم كالأمواج العاتية مدمرة كل ما أمامها دون توقف حتى تموت من الجوع عندها ظهرت الفطريات التي تعيش على جيف كائنات الأوهم والتي كست الأرض في بحر الهلاك والآن تحاول إحدى الممالك المتبقية تدمير بحر الهلاك فتقف أميرة وادي الرياح ناوسيكا في وجههم

بعد حوالي 31 سنة من الحرب العالميّة الثالثة؛ أحد أفراد عصابة كانيدا المدعو بتيتسو اصطدم بطفل ذو قوّةٍ خارقة وتوّرط تيتسو بعد ذلك في مشروع خطير يهدّد مدينة نيو طوكيو بأكملها لكن ما هذا المشروع؟ ومن هو هذا الطفل ذو القوّة الخارقة؟

هزم رجل ثلاثة قتلة سعوا لقتل أقوى أمراء حرب في الصين الموحدة مسبقًا.

يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.