때는 서기 2029년, 아시아의 뉴포트라는 도시. 인간의 뇌도 통신 네트워크의 일부가 된 사회에서 가장 극악한 범죄는 고스트 해킹이다. 인간의 정체성을 규명하는 광의의 영혼을 뜻하는 고스트를 해킹해 타인의 기억 등을 조작하고 변경시키는 것. 인형사라 불리는 정체불명의 악명 높은 고스트 해커가 유럽에서 뉴포트로 주활동 무대를 옮겼다는 소식이 들린다. 이를 막기 위해 외교상 일어나는 국제범죄, 테러 등에 대해 정보수집과 감사를 행하는 정보기관 공안 6과와 쿠사나기 모토코 소령을 중심으로 한 공안 9과는 조사에 나선다

흑백과 컬러, 2D와 3D를 조화롭게 넘나드는 는 디즈니의 혁신적인 도전과 동시에 디즈니 스튜디오의 첫 애니메이션 단편인 ‘미키마우스’ 시리즈를 향한 존경을 표하는 작품.

미래의 일본. 고등학생인 리쿠오는 인조인간들을 좀 성능이 좋은 기계쯤으로 여기며 자라왔다. 어느 날 그는 인조인간 가정부에게서 이상한 행동을 발견하고 그가 지금까지 알고 있었던 세계에 대해 근본적인 의문을 품게 된다.

2067년, 최첨단 하이 테크놀로지 경지까지 올라선 군사 대국 일본은 독자적인 노선을 구축하기 위하여 유엔연합을 탈퇴, 급기야 쇄국이라는 극단적인 카드를 내걸게 된다. 그리고 10년이 흐른 2077년… 일본에 들어간 외국인은 이제까지 단 한 명도 없었다. 첨단 기술에 대한 규제에 반발하여 완전 쇄국을 단행한 일본이 10년 만에 비밀 회의를 소집한다는 정보를 입수한 미국 특수부대 스워드(SWORD)는 일본의 심상치 않은 기운을 감지하고, 비밀리에 벡실을 비롯한 미국 특수 요원들은 잠입작전을 시도하게 된다. 그러나 거미줄처럼 철저한 일본의 봉쇄망에 걸려든 스워드 요원들. 치열한 총격전 끝에 레온 소령이 생포되고 나머지 특수요원 모두가 사살되고 만다. 한편, 유일하게 살아남은 벡실은 정체를 알 수 없는 여인 마리아의 도움으로 그녀의 집에 숨게 된다. 무사히 적의 손길에서 벗어난 벡실은 이내 곧 마리아가 일본의 음모 배후 세력인 다이와 회사에 대항하여 싸우고 있는 레지스탕스 조직의 리더임을 알게 되고, 인류의 생존을 위협하는 음모의 정체를 깨닫고 경악을 금치 못한다. 이에 벡실은 생포된 연인 레온을 구출하고 마리아와 함께 다이와와의 최후 결전을 감행하게 되는데…

2054년 파리는 모든 행동이 감시되며 녹화되는 미로 같은 도시가 되어버렸다. 파리는 이제 거대 기업 아바론의 암영 아래 있게된 것이다. 한편, 미와 지성을 모두 갖춘 젊은 과학자 일로나가 납치당하는 사건이 일어나고, 아바론은 유능하지만 문제 많기로 유명한 경찰 카라스에게 가능한 빨리 그녀를 구출하도록 의뢰한다. 그러나 일로나를 찾는 것은 카라스만이 아니었다. 일로나는 자신도 모르는 사이에 인류와 연관된 은밀한 실험 계획의 열쇠가 될 중요한 단서를 가지고 있었던 것. 카라스가 찾은 모든 증인들이 죽음을 맞이하는 가운데, 그는 과연 그녀를 구출해낼 수 있을 것인가.