런던 근교. 엉성한 발명품만 만들어내는 발명가 월레스는 생활비를 충당하기 위해 창문닦이 서비스를 하고 있다. 월레스의 영리하고 충직한 애견 그로밋은 전자공학에서 도스토예프스키까지 읽는 식견 높은 개다. 그로밋의 생일을 맞자 월레스는 전자바지를 선물한다. 첨단 공법으로 만든 전자바지는 그로밋의 산책은 물론 무슨 일이든 척척 해내는 만능바지. 그러나 이 선물 제작에 많은 돈을 쓴 나머지 생활비가 부족하자 하숙을 놓게 된다. 광고를 보고 세를 든 동거인은 야비한 성격의 수배범 펭귄 맥그로우. 자신의 위치를 빼앗긴 그로밋은 가출을 하기에 이르는데...

스페이스 고지라를 물리치고 1년 뒤, 고지라와 리틀 고지라가 살던 버스 섬이 갑자기 소멸하고 둘도 모습을 감춘다. 얼마 안 지나 몸이 불타오르는 고지라가 홍콩에 나타난다. 버스 섬이 폭발하면서 그 지하에 있던 천연 우라늄의 영향으로 고지라 체내가 불안정하게 변해 언제 핵폭발할지 모르는 상태가 된 것임이 판명된다. G-FORCE는 슈퍼 X-3 등을 동원하여 고지라를 얼리고 최대한 폭발을 막아보려고 한다. 한편, 국립물리연구소의 이쥬인 켄사쿠는 이상한 미생물들을 발견한다. 아주 먼 옛날 지구에 산소가 없던 시절에 나타났던 미생물들이 초대 고지라를 죽인 옥시전 디스트로이어의 영향을 받아 진화한 데스토로이아였다. 데스트로이아는 연구실을 탈출해 하수구를 통해 시나가와 수족관으로 흘러들어간다. 이윽고 수족관에서는 물고기들이 뼈만 남고 산화하는 사건들이 일어난다. 데스토로이아는 수족관을 중심으로 점점 성장해나간다. G-FORCE는 데스토로이아가 냉동에 약하다는 것을 알아채고 메이서를 동원해 집중 공격한다.

신문을 읽고 있던 그로밋은 월레스에게 신문을 보여주면서 걱정한다. 신문마다 양털이 부족한 사태로 떠들썩하고, 한편으론 양들이 계속 어디론가 실종되는 사건이 벌어지고 있는 것. 한편 그 즈음 부업으로 창문닦이 서비스를 하고 있던 월레스와 그로밋은 털실가게를 운영하는 웬돌린이라는 여인으로부터 가게의 쇼윈도우를 닦아달라는 요청을 받게 되고, 월레스는 웬돌린에게 한눈에 반해 버린다. 그리고 그녀의 반려견 프레스톤은 꺼림칙하게 둘을 바라본다. 그러던 어느 날 이상한 양 한 마리가 집에 찾아오는데...

크래커에 치즈를 얹어 먹는 것을 가장 좋아하는 월레스는 어느날 벽장에 치즈가 떨어진 것을 발견한다. 휴가철이 되자 월레스와 그로밋은 휴가지를 고르다 치즈가 가득한 달로 목적지를 정한다. 지하실에서 만든 로켓을 타고 달에 도착한 둘은 피크닉을 하며 여기저기 산책을 하다 우연히 홀로 남겨진 이상한 기계를 발견한다. 호기심에 동전을 넣어보지만 작동을 하지 않자 투덜거리며 기계 곁을 떠난다. 몇 초 후 동전을 넣은 탓인지 갑자기 움직이기 시작한 기계는 달 여기저기를 돌아다니며 치즈를 먹는 월레스를 보고 달을 망치는 중이라고 생각하는데...

"새벽의 봉기" 이후 지구로 향한 샤아는 신비한 힘을 지닌 소녀 라라아 슨과 만난다. 한편 RX-78개발 계획을 추진하던 아무로의 아버지 템 레이는 지온의 모빌 슈트 개발의 중요 인물 미노프스키 박사의 망명 소식을 듣고 달로 향한다. 달 표면 트와일라잇 존에서 벌어지는 인류사상 최초의, 모빌 슈트 간의 사투, 그리고 때는 우주 세기 0079년 지구에서 가장 먼 우주 도시 사이드 3은 지온 공국이란 이름 하에 지구 연방 정부에 독립 전쟁을 벌이고 있다. 인류 전체 인구 절반을 죽음에 이르게 한, 동란의 시대가 시작되려 하고 있다.

1999년, 대특수생물자위대 일명 특생자위대는 상륙한 고질라를 레이저포로 처치하려 하지만, 완패 당한다. 그러던 중 이에시로 아카네는 자신의 실수로 상관인 하야마가 죽자 변명도 하지 않고 자료과로의 이동을 감수한다. 한편, 정부는 고질라 살상용 병기 개발에 착수한다. 그리고 각계의 전문가들을 모아 1954년에 사망한 고질라의 뼈를 바탕으로 생체 로봇 제조에 들어간다. 그리고, 2003년 생체로봇 3호 기룡이 완성되자 특생자위대 안에 기룡대가 결성된다. 그중에는 3년간 묵묵히 신체를 단련해 온 이애시로 아카네의 모습도 있다…3호기룡, 일명 메가고질라와 고질라의 싸움을 특수촬영을 구사하여 박력있게 그리고 있다. 메가고질라의 조종사인 과묵한 여주인공을 맡은 사쿠 유미코의 터프한 모습도 인상깊다.

최첨단 발명품으로 무장, 야채를 훔쳐먹는 토끼로부터 마을의 보안을 담당하는 해충 관리 특공대를 운영하고 있는 최강 콤비 월레스와 그로밋. 곧 있으면 열릴 마을 최고의 축제 슈퍼 야채 선발대회로 인해 이들의 토끼 체포 업무는 나날이 활기를 띠고 있다. 마을 사람들 모두가 슈퍼 야채 선발대회를 기다리며 애지중지 야채를 키우던 어느 날 밤 누군가 마을의 야채를 모두 먹어 치우는 엄청난 사건이 발생한다. 파헤쳐진 야채밭, 거대한 발자국, 무너진 담장, 무시무시한 침입자의 흔적들로 인해 마을 사람들은 공포에 휩싸이는데...

고질라 연구소의 시노다 유지와 과학잡지 기자 이치노세 유키, 그리고 시노다의 딸인 이오는 고질라가 곧 나타날 것이라고 말하며 피해를 대비한다. 그러던 어느 날, 드디어 고질라가 나타나 온갖 시설을 파괴하고 도시를 불바다로 만든다. 한편 카코시마의 바다에서 나타난 괴우주물체다 UFO로 변신하여 고질라를 공격한다. 흉칙한 모습으로 변한 UFO와 고질라는 일대 전투를 벌이게 되는데...