On vuosi 2026, ja tappava virus on vienyt lähes koko ihmiskunnan sukupuuttoon. Joukko eloonjääneitä, joka etsii epätoivoisesti uutta energianlähdettä, saapuu San Franciscon lähimetsiin ja löytää sieltä Caesarin johtaman pitkälle kehittyneiden, älykkäiden apinoiden yhteiskunnan. Lajit solmivat keskenään hauraan rauhansopimuksen. mutta erimielisyyksien kasvaessa ryhmät ajautuvat yhä lähemmäksi täyttä sotaa.

Muutama sukupolvi Caesarin hallitsijakauden jälkeen apinat ovat rauhanomaisesti elävä valtalaji ja ihmiset on pakotettu elämään varjoissa. Uuden itsevaltaisen apinajohtajan rakentaessa imperiumiaan eräs nuori apina lähtee silmät avaavalle matkalle, jonka varrella hän joutuu kyseenalaistamaan kaiken, mitä hänelle on kerrottu menneisyydestä, ja tekemään valintoja, jotka määräävät niin apinoiden kuin ihmistenkin tulevaisuuden.

Ant Man and The Wasp avaa uuden lehden ällistyttävän kutistumiskyvyn omaavien sankarien elämään. Elokuvan Captain America: Civil War tapahtumien jälkimainingeissa Scott Lang joutuu kamppailemaan tekemiensä valintojen seurausten kanssa halutessaan olla samaan aikaan sekä supersankari että isä. Hänen yrittäessään tasapainoilla perhe-elämänsä ja Ant-Manin velvollisuuksien välillä Hope van Dyne ja tri Hank Pym tarjoavat hänelle uutta, kiireistä tehtävää. Scottin tulee vetää jälleen ylleen Ant-Man-puku ja yhdistää voimansa Waspin kanssa heidän tiiminsä yrittäessä selvittää menneisyyden salaisuuksia.