L'histoire débute à Paris, après la « Troisième Guerre mondiale » et la destruction nucléaire de toute la surface de la Terre. Le héros est le cobaye de scientifiques qui cherchent à rétablir un corridor temporel afin de permettre aux hommes du futur de transporter des vivres, des médicaments et des sources d'énergies : « D'appeler le passé et l'avenir au secours du présent ». Il a été choisi en raison de sa très bonne mémoire visuelle : il garde une image très forte et présente d'un événement vécu pendant son enfance, lors d'une promenade avec sa mère sur la jetée de l'aéroport d'Orly.
Téhéran 1978 : Marjane, huit ans, songe à l’avenir et se rêve en prophète sauvant le monde. Choyée par des parents modernes et cultivés, particulièrement liée à sa grand-mère, elle suit avec exaltation les évènements qui vont mener à la révolution et provoquer la chute du régime du Chah. Avec l’instauration de la République islamique débute le temps des «commissaires de la révolution» qui contrôlent tenues et comportements. Marjane qui doit porter le voile, se rêve désormais en révolutionnaire. Bientôt, la guerre contre l’Irak entraîne bombardements, privations, et disparitions de proches. La répression intérieure devient chaque jour plus sévère. Dans un contexte de plus en plus pénible, sa langue bien pendue et ses positions rebelles deviennent problématiques. Ses parents décident alors de l’envoyer en Autriche pour la protéger.
Pour payer ses factures, Wallace, l'inventeur, décide de louer une chambre de sa maison. Le nouveau locataire, un étrange pingouin, va rapidement troubler sa vie et celle de son fidèle chien, Gromit.
Pour arrondir ses fins de mois, Wallace s'est spécialisé dans le nettoyage de vitres. C'est en allant nettoyer les vitres de la boutique de laine qu'il rencontre Wendolène dont il tombe amoureux. Mais Wendolène est accompagnée d'un chien pour le moins étrange qui pourrait bien être pour quelque chose dans toutes ces histoires de disparition de moutons qui causent une pénurie de laine dans la région... Shaun, le mouton qui s'était réfugié chez Wallace et Gromit, disparaît. Alors que Gromit part à sa recherche, il est pris pour un voleur de moutons et condamné à la prison à vie. Tout le monde se lance dans une course poursuite pour le délivrer et arrêter le vrai coupable.
Wallace décide de construire une fusée pour aller sur la Lune qui, comme chacun sait, est un immense fromage. Un étrange robot hante ces lieux...
Une "fièvre végétarienne" intense règne dans la petite ville de Wallace et Gromit, et l'ingénieux duo a mis à profit cet engouement en inventant un produit anti-nuisibles humain et écolo, qui épargne la vie des lapins. L'astuce consiste simplement à capturer, à la main, un maximum de ces rongeurs et à les mettre en cage. A quelques jours du Grand Concours Annuel de Légumes, les affaires de Wallace et Gromit n'ont jamais été aussi florissantes, et tout irait pour le mieux dans le meilleur des mondes, si un lapin-garou géant ne venait soudain s'attaquer aux sacro-saints potagers de la ville. Pour faire face à ce péril inédit, l'organisatrice du concours, Lady Tottington, se tourne vers nos deux "spécialistes" et leur demande d'appréhender le monstre.