Eletään vuotta 1757. Englantilaiset ja ranskalaiset käyvät veristä taisteluaan uuden mantereen hallinnasta jo kolmatta vuotta. Sota on imaissut syövereihinsä kaikki lähiseutujen asukkaat ja sattumalta myös kolme viimeistä lähialueiden mohikaaniheimon edustajaa tempaistaan tapahtumiin mukaan.
Koulussa järjestetään oppilaskunnan vaalit. Hikipinko-jokapaikanhöylä Tracylle kysymys on elämästä ja kuolemasta: hänen on tultava valituksi. Hänen tielleen astuu opettaja Jim McAllister, joka ei pidä Tracystä ja siitä, mitä tyttö edustaa. Niinpä opettaja mobilisoi idiootin urheilijasankarin Tracyn vastaehdokkaaksi, jolla on arvatenkin paljon kannattajia myös tähän pestiin.
Kaikki tutut hahmot - leijona Alex, seepra Marty, kirahvi Melman, virtahepo Gloria, kuningas Julien, Maurice ja pingviinit - palaavat valkokankaalle Madagascar 2:ssa. Tultuaan jätetyksi autiolle Madagascarille newyorkilaiset ovat kehittääneet niin hullun suunnitelman, että se voi jopa toimia. Pingviinit ovat - tavallaan - korjanneet sotilaallisella tarkkuudella vanhan tuhoutuneen lentokoneen. Päästyään ilmaan erikoinen miehistö pysyy taivaalla juuri ja juuri riittävän kauan selviytyäkseen villeistä villeimmästä paikasta, itse Afrikan tasangoista, jossa eläintarhassa kasvaneet sankarimme törmäävät ensimmäistä kertaa oman lajinsa edustajiin. Samalla kun he löytävät juurensa, he tajuavat nopeasti todellisen oikean ja betoniviidakon eron. Kauan kadoksissa olleista sukulaisistaan, kilpakosijoista ja viekkaista metsästäjistä huolimatta Afrikka vaikuttaa huippupaikalta... mutta onko se parempi kuin heidän kotinsa Keskuspuistossa?
Aivolisäkkeen häiriöstä kärsivän seksuaaliterapeutin hormonit pääsevät valloilleen leikkauksen ansiosta, ja hän saa vihdoin kokea murrosiän kolmekymppisenä.
Kuolemansairaan puutarhurin Visan suhde avopuolisoonsa Riiaan on kriisissä. Ryhmäterapiassa hän tapaa kuolemaan valmistautuvista artikkelisarjaa tekevän toimittajan Hannan. He rakastuvat, mutta Visa joutuu pulman eteen kuullessaan olevansakin terve.