Βρισκόμαστε στο 2029, τα όρια μεταξύ της εικονικής πραγματικότητας και του υπαρκτού κόσμου σιγά σιγά χάνονται. Η τεχνητή νοημοσύνη (Artificial Intelligence) γίνεται όλο και πιο περίτεχνη και πραγματική καθώς εξελίσσεται συνεχώς. Οι περισσότεροι άνθρωποι ήδη έχουν λειτουργικά προσαρμοσμένα στον εγκέφαλο τους, επιτρέποντας τους να επικοινωνούν με τους υπολογιστές και να μαθαίνουν από αυτούς. Τους κάνει όμως και ευάλωτους στην εκμετάλλευση. Η ψυχή ενός ανθρώπου είναι κοινώς γνωστή ως “Ghost” σε αυτή τη δημιουργία του Shirow. Χάκερς ικανοί να εισβάλουν στην ψυχή ή ghost ενός ανθρώπου είναι οι πιο ικανοί και οι πιο επικίνδυνοι και αντιμετωπίζονται σκληρά αν συλληφθούν από το σύστημα.
Στον δρόμο τους για τον επόμενο διαγωνισμό Pokemon, o Ash και οι φίλοι του φτάνουν στην πόλη Alamos, όπου συναντούν ένα κορίτσι ονόματι Alice. Η Alice τους ξεναγεί στα αξιοθέατα της πόλης τα οποία είναι ο πύργος του χώρου και του χρόνου και οι καταπράσινοι κήποι. Αφού βρουν κάποιες ζημιές στους κήπους μαθαίνουν από τον βαρόνο Alberto για την ύπαρξη ενός Πόκεμον με το όνομα Darkrai, το οποίο δημιουργεί εφιάλτες σε οποιοδήποτε κοιμάται κοντά του και ίσως ευθύνεται αυτό για τις ζημιές. Ακριβώς την ίδια στιγμή
Στο μακρινό μέλλον, μέσα σε μια αχανή, αυτοαντιγραφόμενη πόλη που έχει την τάση να εξαλείφει όλη τη ζωή, ο μυστηριώδης οδοιπόρος Κίλυ εμφανίζεται για να αναζητήσει γενετικούς δείκτες σε μια προσπάθεια να σταματήσει την ατέρμονη κατασκευή της πόλης και να σώσει την ανθρωπότητα.