2천명의 승객과 12명의 승무원을 실은 커버넌트호는 새로운 행성의 개척과 이주를 위해 항해 중이다. 인공지능 로봇 월터가 홀로 깨어 승무원들의 건강을 관리하던 중 예기치 못한 사고로 선장이 사망하고 승무원들이 깨어난다. 이들은 커버넌트호를 정비하던 중 인근의 행성으로부터 알 수 없는 신호를 감지한다. 여행에 지친 승무원들은 다니엘스의 반대에도 불구하고 행성을 탐사하기로 결정한다. 이들은 정체불명의 생명체에 감염되어 위기에 빠지지만 10년 전 사라졌던 프로메테우스호의 인공지능 로봇 데이비드의 도움을 받아 상황을 모면하는데...

미래 외계행성 식민지화 시대. EXOr 통치하의 ‘오사이러스’ 행성에 치명적인 바이러스가 퍼진다. 이에 EXOr 본부는 ‘오사이러스’ 행성에 사는 민간인을 포함한 모든 생명체를 24시간안에 멸망시킨다는 계획을 수립한다. 그 사실을 알게 된 EXOr의 군인 ‘케인’은 ‘오사이러스’ 행성에 살고 있는 딸 ‘인디’를 구하기 위해 탈영을 감행한다. 뒤쫓는 군인들을 따돌린 후, ‘오사이러스’ 행성 외곽지역에 떨어져 정신을 잃었다 깬 ‘케인’은 자신에게 총구를 겨누고 있는 수수께끼의 남자 ‘사이’와 마주친다. ‘케인’은 ‘사이’가 ‘오사이러스’ 행성의 비밀과, EXOr 군대의 추악한 실체에 대항한 반란의 중심이라는 것을 알게 되는데… 바이러스보다 치명적인 행성의 비밀, 남은 시간 24시간! 딸 ‘인디’를 구하고 행성을 탈출하기 위한 사투가 펼쳐진다!