Lokakuu 1962. Koko maailma on ydinsodan partaalla. Yhteenotto Yhdysvaltojen ja Neuvostoliiton välillä on lähempänä kuin koskaan: amerikkalaisten vakoilijakone U-2 paljastaa neuvosto-ohjukset Kuubassa, amerikkalaisten takapihalla. Kolmentoista päivän ajan presidentti John F. Kennedy ja hänen lähimmät miehensä työskentelevät raivokkaasti ratkaistakseen kriisin. Tuskainen maailma seuraa vieressä ja odottaa.
Phoenixin poliisipäällikkö Blakelock lähettää alkoholismistakin kärsineen etsivänsä Ben Shockleyn Las Vegasiin yksinkertaiseen noutohommaan: Vegasissa istuu vankilassa nuori ilolintu Gus Mally, jota tarvitaan Phoenixissa avaintodistajaksi jutussa paikallisia poliitikkoja ja kaupungin muuta johtoa vastaan. Vegasiin saavuttuaan Ben tapaa pelokkaan Mallyn, joka selittää kuinka he molemmat tulevat kuolemaan heti kun he astuvat ovesta ulos. Shockleylle paljustuukin, että on meneillään vedonlyönti, jossa ennustetaan Mallyn loppua. Kertoimet nousevat hetki hetkeltä ja se saa Shockleyn suivaantumaan. Kenelläkään ei ole oikeutta kyseenalaistaa hänen pätevyyttään saada työnsä tehtyä kunnialla. Heti matkan alettua kohti Phoenixia, Shockey ja Mally välttyvät autoräjähdykseltä ja perässä kulkevilta tappajilta. Vähäpätöinen todistaja taitaakin olla kaikkea muuta kuin miltä näyttää. Shockley ei pysty enään luottamaan edes virkaveljiinsä, joten on keksittävä uusi suunnitelma päästä Phoenixiin elossa.
Liittovaltion sheriffi Sam Gerard saattaa vankeja lentokoneella, joka tekee pakkolaskun. Rytäkässä pääsee karkuun kahden agentin murhasta epäilty mies. Armoton ajojahti rymistelee pitkin maita, mantuja ja Manhattanin katuja. Jokainen hetki käytetään sinnikkään pakenijan löytämiseksi, kunnes herää epäily, ettei kaikki olekaan sitä miltä näyttää. Takaa-ajajat on elokuvan Takaa-ajettu vauhdikas jatko-osa.
Kun USA:n vakoojakeskuksen CONTROL:n päämajaan hyökätään ja agenttien henkilöllisyydet ovat vaarassa paljastua, päälliköllä ei ole muuta mahdollisuutta kuin ylentää agentiksi aina yhtä innokas tutkija Maxwell Smart. saa tehtäväkseen tukahduttaa juonen, jolla pahamaineinen rikossyndikaatti nimeltä KAOS yrittää kaapata itselleen maailmanvallan. Smart on aina unelmoinut työskentelemisestä kentällä urhean supertähden, agentti 23:n rinnalla. Sen sijaan hän saa parikseen ainoan agentin, jonka henkilöllisyys on säilynyt salassa: ihastuttavan, mutta tappavan veteraaniagentin, agentti 99:n. Kun Smart ja 99 pääsevät lähemmäksi KAOS:n päämäärien - ja toistensa - selvittämistä, heille paljastuu että KAOS:n ykkösagentti Siegfrid ja hänen apurinsa Shtarker yrittävät rahastaa luomansa kauhun verkoston avulla. Smartin, jonka kenttäkokemus, samoin kuin aika, on vähissä, ja joka on aseistettu vain muutamilla vakoojavempaimilla ja sammumattomalla innokkuudella, on tuhottava KAOS.
Peter Devereaux on tappavan tehokas entinen CIA:n agentti, joka nykyisin viettää leppoisia eläkepäiviä Sveitsissä. Hänet houkutellaan uudelleen hommiin suorittamaan vielä yksi komennus, jossa hänen tehtävänään on suojella arvostakasta todistajaa, Alice Fournieriä. Pian Peter huomaa, että tämä tehtävä tekee hänestä kohteen ja hänen peräsään on Peterin entinen ystävävä ja CIA:n suojelema David Mason. Herää epäilys CIA:n sisällä olevasta vakoojasta, Peterillä ei ole ketään johon luottaa, eikä myöskään sääntöjä joita noudattaa.