یک دلقک ماهی به نام مارلین، در مورد پسرش نیمو زیادی حساس است. او پسرش را در اقیانوس گم می‌کند و در پی آن با کمک ماهی به نام دوری به جستجوی نیمو می‌پردازد. به تدریج و پس از یافتن نمو او متوجه می‌شود که نباید آنقدر مته به خشخاش بگذارد.
پس از آلوده شدن دریاچه‌ی اسپرینگ‌فیلد به خاطر سهل‌انگاری هومر، مقامات تمام مردم شهر را قرنطینه می‌کنند. هومر و خانواده نیز از اسپرینگ‌فیلد فراری می‌کنند و راهی آلاسکا می‌شوند. اما وقتی متوجه می‌گردند که شهرشان در خطر است تصمیم می‌گیرند که برای نجات شهر دست به کار شوند و…