Film "Fukushima 50" przedstawia historię ludzi biorących udział w likwidacji skutków awarii elektrowni jądrowej Fukushima-1, do której doszło w wyniku trzęsienia ziemi u wschodniego wybrzeża wyspy Honsiu w Japonii 11 marca 2011 r. Wśród likwidatorów znajdują się zarówno pracownicy stacji, jak i ochotnicy z Japońskich Sił Samoobrony, policjanci i strażacy. Zarówno zarząd zakładu, jak i zwykli pracownicy będą musieli podjąć szereg ważnych decyzji i walczyć z destrukcyjną siłą atomu nawet kosztem własnego życia.
Bliżej nieokreślona przyszłość. Pracownica centrali udaje się na pustynię w celu odzyskania łączności z elektrownią atomową.