Film che riassume la storia originale della serie, con l'aggiunta di nuove animazioni. A.D. 2009: la razza umana è nel mezzo di una guerra fra tre schieramenti opposti. Contro i terrestri stanno combattendo due razze aliene, composte da umanoidi giganteschi: gli zentradi (di sesso maschile) e le meltradi (di sesso femminile). L'ultimo baluardo per la salvezza della Terra è il Macross, una gigantesca astronave spaziale, al cui interno si trova una intera città. Proprio all'interno del Macross si sviluppa un intenso triangolo d'amore fra Hikaru Ichijo, giovane pilota dell'aeronautica terrestre, il suo superiore Misa Hayase e Lynn Minmay, quindicenne cantante cinese. Sarà proprio il canto di Mynmai ad avere effetti decisivi sull'esito della guerra.

Anno 2131: A causa una guerra nucleare, la Terra è ormai ridotta ad un ammasso di macerie, di città semidistrutte, di paesaggi tristi e desolati. Ogni giorno, in tutte le parti del globo, guerriglie cittadine, agguati e combattimenti all'ultimo sangue continuano a mietere vittime con il ricorso ad armi tecnologicamente avanzate, in mano a cyborg, piuttosto che da esseri umani, che ogni giorno lottano per la loro sopravvivenza. Tra questi umani c'è anche una ragazza dalle doti eccezionali, esperta nel combattimento corpo a corpo, ma capace anche di maneggiare con maestria qualsiasi tipo di arma da fuoco: il suo nome è Deunan Knute.

Anno 0087 dell'Universal Century. La Guerra di Gryps sta mietendo le sue vittime sia tra i membri dell’A.E.U.G., il gruppo di resistenza guidato da Char Aznable sotto mentite spoglie, sia tra gli uomini dei Titans, l’ente paramilitare solo formalmente alle dipendenze della Federazione Terrestre. Ma quando in campo scende una terza formazione bellica l’equilibrio di potere instaurato tra le due parti è destinato a rovesciarsi. Haman Kahn, reggente dell’ultima discendente della dinastia Zabi, controlla il manipolo di profughi di Zeon rifugiatosi sul meteorite Axis al termine della Guerra di un Anno. Il suo appoggio politico all’una o all’altra fazione deciderà l’esito del conflitto. Kamille Bidan, vero protagonista di questa storia che molti acclamano quale grande capolavoro di Yoshiyuki Tomino, ha perso tutto, i genitori, l’amore, gli amici… riuscirà la sua forza a sconvolgere le sorti dell’universo?

In seguito a una guerra che ha sterminato metà della popolazione del pianeta, la città di Olympus resiste come un faro di speranza in un mondo di caos. Deunan e il suo amato Briareos, un soldato cyborg, sono membri di una forza speciale di eccellenza al servizio di Olympus. La fedeltà dei due combattenti verrà messa alla prova dall'arrivo di un nuovo elemento nei ranghi, un Bioroid sperimentale di nome Tereus. Intanto, la stessa Olympus si trova attaccata a sorpresa da una misteriosa combriccola di scienziati.

Cinquant'anni dopo un olocausto nucleare, la guerra aperta è vietata dalle nazioni sopravvissute, che si sono fuse in due opposte fazioni: il Mercato e la Confederazione ispirato alla Russia. Per risolvere le dispute territoriali, le due parti tengono incontri tra robot giganti pilotati dai "Robot Jox". In un incontro il combattente della Confederazione Alexander sconfigge e uccide Hercules del Mercato; a quel punto diventa chiaro che la Confederazione sta ricevendo informazioni sulle nuove armi e disegni da delle spie all'interno del Mercato, con conseguente perdita di incontri critici e la morte di molti dei migliori piloti. Il pilota del Mercato Achille, sostenuto dal progettista di robot Doc Matsumoto e dallo stratega Tex Conway, unico pilota a vincere tutti e dieci le sue lotte contrattuali, si prepara per il suo decimo e ultimo combattimento contro Alexander.