توماس ای. اندرسون مردی است که زندگی دوگانه‌ای دارد. در روز او یک برنامه نویس یک شرکت نرم افزاری است و شب‌ها هکری تحت عنوان نئو. نئو همیشه به دنبال فهمیدن حقیقت زندگی‌اش بوده است، اما حقیقت خارج از تصور اوست. او با یک هکر افسانه‌ای بنام مورفیوس که توسط دولت بعنوان تروریست شناخته شده، ارتباط برقرار می کند، و به همین خاطر تحت تعقیب پلیس قرار می گیرد. مورفیوس نئو را در دنیای واقعی بیدار می کند، یک سرزمین بایر و ویران، جایی که ذهن اکثر انسان‌ها توسط گونه‌ای از ماشین‌ها، در ماتریکس اسیر شده است. اکنون نئو باید بعنوان یک شورشی در دنیای ماشین‌ها به ماتریکس بازگردد و با مامورها مقابله کند، ابر برنامه‌های قدرتمند کامپیوتری ای که وظیفه دارند نئو و تمام شورش انسانی را سرکوب کنند.
بشریت به شیء مرموز و قیمتی در زیر سطح ماه که توسط کامپیوتر هوشمند H.A.L. 9000 در حال ماموریت کشف می شود، بر میخورد...
نئو و رهبران شورش تخمین میزنند که حدود ۷۲ ساعت تا حمله ۲۵۰ هزار ماشین به صهیون، وقت دارند. در همین زمان نئو باید تصمیم بگیرد که چگونه ترینیتی را از سرنوشت تاریکی که در رویا برایش دیده، نجات دهد.
صهیون، شهر انسان‌ها در مقابل حملات بی امان ماشین‌ها مقاومت می کند، در حالی که نئو در میدانی دیگر، برای خاتمه دادن به این نبرد، با مامور اسمیت سرکش می جنگد.
پیشتازان فضا : ابری مرموز در حال نزدیک شدن به زمین است و همه چیز را در مسیر خود نابود می کند. با توجه به خطر قریب الوقوع، دریاسالار کرک فرمان را از کاپیتان جوان اینترپرایز تازه بازسازی شده، ویلارد دکر، می گیرد و همراه با خدمه قدیمی خود که به سرعت دوباره جمع شده اند، به سمت سازه مرگبار می رود. کرک و خدمه اش متوجه می شوند که ابر V'ger نام دارد و امیدوار است خالق آن را روی زمین بیابد. اسپاک به تنهایی، به لطف ترکیب ذهنی Vulcan، متوجه می شود که در زیر ابر یک ماشین پیچیده وجود دارد. کرک موفق می شود V'ger را متقاعد کند که او را با چند دنبال کننده وارد فضای ابری کند. آنجا می خواهد راز او را فاش کند.
جونی کورتز پس از وقایع فیلم دوم، بازنشسته شده و به عنوان یک کارآگاه خصوصی کار می‌کند. یک روز رئیس‌جمهور دولین به او اطلاع می‌دهد که خواهرش، کارمن کورتز پس از انجام یک مأموریت ناپدید شده‌است. او مطلع می‌شود که کارمن در یک بازی ویدئویی واقع‌گرایانه به نام بازی باخته گیر کرده‌است. این بازی توسط فردی به نام اسباب‌بازی ساز ساخته شده و هدف آن کنترل دائمی ذهن کودکان است. جونی وارد بازی می‌شود تا کارمن را نجات دهد و بازی را خاموش کند.