全世界被产业革命的波澜推动，自近世变迁至近代之时，不死的怪物突然出现。被钢铁的皮膜包覆，只要心脏不被破坏就不会消灭，被它啃咬的人似乎也会在死过一次之后复生，并开始袭击人类。之后被称为卡巴内的这些怪物爆发性地增殖，并覆盖了全世界。 远东岛国日本的人们，为了对抗卡巴内的威胁而在各地建造名为「驿」的城寨，并困守在其中，想方设法残存下去。能够在驿之间来往的只有装甲蒸气机关车（通称骏城），驿之间通过各自生产物的融通，总算是保证了生活。住在以炼铁和蒸气机关的生产为业的显金驿的蒸气锻冶少年，生驹。他为了打倒卡巴内，开发出独自的武器「贯筒」，同时期盼着有朝一日能够发挥出自己的力量。 某天，穿越前线的骏城之一甲铁城来到了显金驿。为了车辆的清扫整备而被召唤的生驹，目击到了从义务性的卡巴内检阅中被免除的不可思议少女。当晚，生驹与自称为无名的那位白天的少女再会，此时骏城突然暴走并突入了显金驿。乘务员全灭，而且全部变成了卡巴内！卡巴内从显金驿中溢出。如同要从被恐慌袭击的人浪中逆行一般，生驹奔跑着。这一次不能逃避，我要，我要用贯筒打倒卡巴内！ —— 于是，为了成为真正能闪耀光辉的男人，生驹的战斗开始了。

在全国大赛（高中联赛）中，经过一番激斗，总北高中自行车竞技部的小野田坂道漂亮地取得了综合优胜。在夏季即将结束之际，他为了从即将毕业的三年级生金城、卷岛、田所之处继承“全员相互支撑向前奔驰”的总北队之魂，而每天坚持练习。 某天，总北队收到了历年高中联赛的成绩优秀队伍出场的“熊本 火之国山间比赛”的出场邀请。放言打倒总北而燃烧斗志的箱根学园、京都伏见、广岛吴南这些对手队伍，以及拥有“炎之爬坡者”吉本的本地队伍熊本台一，这些全国的强豪队将会在此次比赛中参赛，而为了准备比赛，坂道等总北成员也士气高涨。然而，只有一人例外——。 现在的总北队的“最后的比赛”，将以熊本、阿苏山为舞台展开。“继承灵魂，并将其超越。”胸中怀着炽热的决心，男儿们再次站在起点线上——！

7年后的“班会”的前一天，去了旧校舍的渚和业的想法是…… 在扬言要炸掉地球的同时，担任着3年E班班主任的奇怪生物，通称“杀老师”。暗杀者是学生，暗杀对象的老师。这个奇妙的羁绊，赌上“生命”的毕业前一年里的故事。 ……从“暗杀教室”毕业7年后，渚带着特别的想法，在同班同学前来旧校舍重聚的同一天，独自一人来到的旧校舍。但是，在本应空无一人的教室里，已经有人先来了。那是曾与自己在这个教室里共同成长的业同学。 在各自的道路上开始新的挑战之前，两人互相确认了自己在这个教室中收货的东西。在那特别的一年里，他们感受到了什么呢？。然后，现在才明白，杀老师的想法是……————《暗杀教室 365日倒数计时》是由Lerche制作的动画电影。电影作为松井优征创作漫画《暗杀教室》的剧场版动画，在全两季电视动画的基础上对故事进行精编，并加入原创的日后谈剧情。动画情节设定在毕业7年后的“同学会”的之前，两位男主角潮田渚、赤羽业回到椚丘中学三年E班的旧校舍，回想起有关杀老师的事。 该动画电影于2016年11月19日在日本上映，同年11月25日在中国台湾上映。