해적선 메가파우나를 타고 지트단을 쫓는 베를리 제남일행. 그 사이 캐피털 아미, 아멜리아군, 돌렛 함대가 카시바 미코시 부근에서 치열한 전투를 벌이면서 지구권의 전황은 완전히 달라지고 있었다.전쟁이 낳는 비극과 증오를 없애려는 베를리지만 캐피털 아미와 지트단의 공투, 아멜리아군과 돌렛함대의 연대에 의해 우주전함마저 격침하는 파괴력을 자랑하는 모빌슈트군이 차례로 전장에 투입되고 이윽고 싸움의 장소는 대기권 안으로 옮겨가는데…

거인이 모든 것을 지배하는 세계, 사람들의 평온한 일상은 무너졌다. “한 마리도 남김없이 쓸어버리겠어.” 그 각오와는 정반대로 갑자기 거인으로 변해버린 주인공 엘런. 자신이 누구인지 갈등하던 와중에 엘런은 그 능력을 써서 인류를 구하게 된다. 어떤 이는 그를 ‘구세주’라 칭송하고, 어떤 이는 그를 ‘악마’라 두려워한다. 다음으로 그들 앞에 나타난 것은 다른 거인들과는 명백히 다르게 지성을 가진 여성형 거인. 그녀는 대체 무엇인가... 엘런에게 숨겨진 능력의 비밀은...

벨리 일행을 구출하기 위해 출격한 ‘델렌센’이 해적 부대의 메가파우나를 급습한다. 싸움의 상대가 자신의 스승 ‘델렌센’임을 깨닫지 못한 채 G-셀프 안에서 치열하게 맞서 싸우는 ‘벨리’. 한편, G-셀프 기체와 함께 ‘라라이야 먼데이’까지도 노리고 있는 캐피털 아미는 마스크 부대를 연이어 출격시킨다. 그 배후에 있는 위협적인 존재는 과연 무엇이며, ‘벨리’와 ‘아이다’는 캐피털 아미를 막아낼 수 있을 것인가?

‘탄지로’와 ‘네즈코’는 귀살대 중에서도 최고의 계급인 지주들 앞으로 끌려간다. 탄지로의 죄명은 ‘대율 위반’- 특히, 혈귀인 네즈코를 죽이지 않고 동행한 혐의로 목숨을 잃을 위기에 처한다. 귀살대의 당주 ‘우부야시키 카가야’에 의해 위기를 넘긴 ‘탄지로’는 ‘젠이츠’, ‘이노스케’와 함께 지난 ‘나타구모 산’에서의 전투 이후 입게 된 상처를 치유하기 위해 나비저택에 머물며 기능회복 훈련에 돌입한다. 한편, ‘나타구모 산’의 일로 분노한 ‘키부츠지 무잔’은 하현들을 소집하는데…

수천 종의 외계종족이 평화롭게 살고 있는 28세기의 우주. 에이전트 발레리안과 로렐린에게 30년 전 사라진 행성 뮐의 마지막 남은 컨버터를 되찾아 오라는 미션이 내려진다. 그들은 키리안 행성에서 컨버터가 거래되고 있다는 정보를 입수하지만, 뜻하지 않게 외계종족의 표적이 되어버린다. 가까스로 컨버터를 구출해 낸 그들은 우주수호부의 본거지 알파로 향하고, 제한된 시간 안에 평화를 위협하는 레드존에 진입해 위협 요소를 제거해야 하는 새로운 임무를 받게 된다. 하지만 이 모든 사건이 자신들이 구출한 컨버터와 연계되어 있다는 사실을 알게 되는데...

때는 우주 시대. 로미와 조지는 둘만의 새로운 생활을 시작하기 위해 혹성 에덴 17로 향한다. 하지만 그곳은 이미 물이 고갈되어 이주했던 사람들이 떠나간 더 이상 살 수 없는 별이었다.

자원이 고갈된 지구를 구하는 에너지인 '포톤 배터리'. 지구에서는 제조할 수 없는 에너지 장치의 공급원으로 향하기 위해 지구권을 떠난 베를리 제남, 아이다 술간 등이 승함하는 메가파우나는 마침내 목적지인 금성 주역에 있는 비너스 그로브에 도달한다.지구로의 귀환=레콩기스타 작전을 목표로 하는 지트단과의 싸움을 거쳐, 아이다는, 「포톤·배터리」의 생산과 공급을 독점하고 있는 단체 「헤르메스 재단」의 라·구 총재와의 회담의 기회를 얻는데….