Det er en mørk tid for opprørerne. Etter et knusende angrep mot basen deres på isplanetetn Hoth, er opprørerne splittet på grunn av Imperiets forfølgelse. Luke Skywalker oppsøker den mystiske Jedi Master yoda i Dagobah's sumper. Samtidig rømmer Han Solo og Prinsesse Leia fra Imperiets fløte til vakre Bespin, skyenes by.

Da mannskapet på romskipet Nostromo undersøker en radiomelding fra en øde planet, gjør de en grufull oppdagelse: En livsform som klekkes ut i og spiser sine ofre levende. Kampen står ikke bare om mannskapets liv, men om hele menneskehetens eksistens.

Luke Skywalker og Prinsesse Leia befinner seg på Tatooine for å befri Han Solo fra Jabba The Hutts klør. Opprørerne er gjenforent og slå seg sammen med en stamme Teddybjørner for å kjempe mot Imperiet på Endors skogmåne. Keiseren og Darth Vader er derimot fast bestemte på å få Luke over på den Mørke siden.

Nå vil Star Wars-fansen selv få oppdage nøyaktig hvordan og hvorfor Anakin Skywalker - spådd å være Den utvalgte, det ene individet som vil være i stand til å skape balanse i Kraften og sikre fred gjennom hele galaksen - blir den fryktede Darth Vader, Keiserens høyre hånd. De vil også få vite hvordan Anakins mentorer, den sverdsvingende Obi-Wan Kenobi og den bittelille jedimesteren Yoda, klarer å overleve den sagnomsuste ødeleggelsen av Jedi-ordenen bare for å leve ut sine dager i skjul på fjerne, fiendtlige planeter. De vil få vite hva som vendte den tilsynelatende godhjertede og dypsindige kansler Palpatine til å bli den diktatoriske lederen av det fryktede galaktiske imperiet. De vil få vite hvordan Anakins barn, Luke Skywalker og Leia Organa, ble født og deretter skilt fra hverandre forutbestemt å lede det store opprøret mot Imperiet.

Kaptein Jean-Luc Picard (Patrick Stewart) og Next Generation-mannskapet legger ut på sitt mest spennende eventyr til nå i en science fiction-historie som er i en klasse for seg. De kaller seg Borg - en rase som er halvt roboter og halvt humanoider og bare ett eneste mål: å overvinne alle raser og innlemme dem i sin egen rase. Ledet av sin forførende og sadistiske dronning (Alice Krige), er Borg-rasen på vei mot jorden med utspekulert plan for å endre historien. Picards forrige møte med Borg kostet ham nesten livet. Nå vil han ha hevn. Men hvor langt er han villig til å gå?

10 år har gått siden "Den skjulte trussel" utspant seg og galaksen har gjennomgått drastiske forandringer. Politiske separatister truer tidligere dronning, nå senator Padme Amidala på livet. Obi-Wan Kenobi får hjelp av den unge og lovende jedi-ridderen Anakin Skywalker til å beskytte Padme. De tre blir ført sammen for første gang siden invasjonen av Naboo. Dyktige Anakin har oppnådd lærlingstatus hos Obi-Wan Kenobi, som selv har utviklet seg til å bli læremester. De to får en svært sentral rolle i dramaet som utspiller seg, både som Padmes beskyttere og som viktige brikker i kampen som utkjempes mellom de ulike kreftene. Ikke bare blir deres egne skjebner berørt, men hele republikken beror på deres valg og heltemodige innsats.

Den onde handels-føderasjonen planlegger å beleire den fredelige planeten Neboo. Jedi-ridder Qui-Gon Jinn og hans lærling Obi-Wan Kenobi kommer inn for å stanse planene. Dette fører til et fantastisk eventyr hvor de får god hjelp av den unge dronning Amidala, den mektige kaptein Panaka - som ønsker å reise til de fjernliggende planetene Tatooine og Coruscant i et håpløst forsøk på å redde deres verden fra Darth Sidious, lederen av handels-føderasjonen. De har en rekke mektige motstandere å bryne seg på, spesielt i form av den onde Darth Maul, den sterkeste av de mørke lordene av Sith.

Fra skapelsen av føderasjonen har den viktigste regelen alltid vært helt klar: Ingen Starfleet ekspedisjon får gripe inn i den naturlige utviklingen til andre samfunn. Men nå får Picard ordre som undergraver dette påbudet. Dersom han adlyder, vil 600 fredelige innbyggere på Ba'ku bli tvangsflyttet fra sin fantastiske verden, tilsynelatende for å sikre et bedre liv for millioner som vil nyte godt av Ba'kus ungdomskilde-lignende kraft. Dersom han nekter risikerer han sitt Starship, sin karriere, sitt liv. Men for Picard er det bare én utvei. Han må sloss mot Starfleet... og lede opprøret for å bevare Paradiset.

Kaptein Picard og mannskapet på U.S.S. Enterprise-E konfronteres med en Picard-kloning ved navn Shinzon som hersker over planeten Remus. Shinzon er døende og trenger Picards genmateriale for å overleve, men forsøket hans på å bortføre Picard slår feil og baner vei for et storstilt slag om kontroll over universet. Mannskapet tar opp kampen. Flere kommer til å dø. Men Enterprise-ånden lever videre, for alltid.