曾经衷心服务于人类，堪称文明最高代表的赛昂智能机器人，其所引发的叛乱难以想象。第一次赛昂战争战后的第十年，自幼立志报效国家的热血青年威廉·阿达玛（卢克·帕斯夸尼洛 Luke Pasqualino 饰）以优异且令人叹服的成绩顺利自空军学院毕业。他踌躇满志登上雄伟壮观的卡拉狄加，然而却并未如愿驾驶性能卓越的战机，反而被派去驾驶老旧笨重的货物运输机。他的直属上司库克·法斯乔维克（本·考顿 Ben Cotton 饰）身心疲惫，可望尽早退休。这对格格不入的搭档很快接到命令，即将前往天蝎座执行一项货运任务，与之同行的还有肩负神秘使命的贝卡·凯利博士（Lili Bordán 饰）。然而威廉他们很快发现，此次任务绝非如此简单，他们前行的路上充满凶险……
未来几十年内，人类探索利用太空的程度不断加深。2040年，利用空间扭曲技术深入宇宙的“新领域号”消失于海王星附近。2047年，新领域号突然在海王星发回讯号，内容似乎为求救，于是当年设计新领域号的威尔博士（Sam Neill 饰）受命乘坐营救船“路易与克拉克”号前去施救。船长米勒（Laurence Fishburnes 饰）不甚友好，所幸路易与克拉克号很快按计划与新领域号对接。虽然生命扫描显示新领域号充满生命迹象，但搜寻之后营救队发现所有船员均死亡或消失，新领域号内制造黑洞的核心动力部分产生的震荡破坏了路易与克拉克号的外壳，营救队被迫暂时停留。新领域号残留的影像记录将当时血腥的一幕呈现给所有人，同时营救队员们被幻象所困——他们分别看到了自己心中无法释怀的伤痛。队员们陷入了崩溃的边缘。然而更令人惊异的是，新领域号似乎具有了生命。威尔博士相信新领域号的变化是由于它进入过地狱，米勒船长为了拯救队员们和威尔展开了生死对决……
时为公元2202年。 自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？ 期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球……
本篇是将机动战士高达00第一季内容重新再编集，并且追加TV版播放时所没有的新绘画面。
天体物理学家拿起从外太空来一个神秘的信号。远征下决心参观这个星球上找到和检查的信号源。
时间进入2050年，现代文明的发展和人口数量的激增反而令地球不堪重负，原本美丽的星球已经不再适合人类居住。为了寻找新的生存之地，科学家们将目光所定在与地球环境最为相似的火星。在过去的几十年里，他们不断向火星发射无人飞船，试图运用现代科技来改善火星上相对恶劣的居住环境。然而当一切初见成果之时，火星上的机器却突然出现故障，移民火星的计划被迫停滞。地球的状况愈来愈让人担忧，为了尽快排除故障，由凯特·鲍曼（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）、罗比·加莱尔（方·基默 Val Kilmer 饰）等顶尖科研人员组成的探险队奉命前往人类从未涉足的红色星球。他们的旅程从一开始便注定充满磨难，队员们不仅要面对恶劣的外星环境，他们的友情和信任也承受着巨大的考验……
27世纪中叶，地球人与克尔瑞奇族爆发旷日持久的战争。小行星帕格萨斯某日遭到克尔瑞奇的奇袭，驻守官兵抵挡不住败下阵来，智能导航仪也被敌人夺走，这也意味着克尔瑞奇族将长驱直入，进攻地球。为了确保联邦舰队及时回防，杰弗瑞·吐温司令（戴维·沃纳 David Warner 饰）命令詹姆斯·盖斯特（Tchéky Karyo 饰）和达德·马修（马修·里沃德 Matthew Lillard 饰）、克里斯托弗·布雷尔（小弗雷迪·普林兹 Freddie Prinze Jr. 饰）驾驶的小型商船勤工号前往织女星系，将加密磁盘交给盘桓于此的虎爪号。 拥有朝圣者敏感身份的布雷尔，即将和好友、战友经历一场有关地球命运的重要战役……