Alt han vil er å forsvinne. Istedenfor er nå Jason Bourne jaktet på av folkene som gjorde ham til den han er. Han har mistet hukommelsen og kvinnen han elsket, så han kan ikke stoppes av kuler eller en ny generasjon av snikskyttere. Bourne har bare et mål: å gå tilbake til begynnelsen og finne ut hvem han var.
Når en mafia-regnskapsfører blir tatt til fange, må en politimann, som er tynget av skyld etter en tidligere hendelse som forhandler, forhandle i konflikten, samtidig som hans egen familie blir holdt som gissel av mafiaen.
John McLoughlin og Will Jimeno, to politimenn som jobber i New Yorks havnepoliti. Den 11. september 2001 blir de fanget i ruinene da tårnene faller sammen. McLoughlin og Jimeno skjønner at de må holde sammen i kampen for å overleve, og vi får oppleve denne skjebnesvangre dagen gjennom øynene til de to politimennene, konene deres, andre overlevende og redningsmannskaper fra hele byen.
Den tilsynelatende normaliteten til fasaden til et beskjedent hus i Tokyo skjuler skrekken inni. Huset er besatt av en voldelig pest som ødelegger livet til alle som kommer inn i de