12년 전 깨끗하게 손을 씻고, 가정적인 남편이자, 지역 신문 칼럼니스트로 활동하고 있는 Mr. 폭스. 큰맘 먹고 장만한 새집에서 즐기는 평온한 전원 생활은 오히려 그의 잠자고 있던 야생 본능을 깨우고. 급기야 예전 신기의 절도 기술을 활용, 인간 마을 악질 농장주 3인방의 창고를 습격하고 만다. 이에 분노한 농장주들은 Mr. 폭스의 집을 송두리째 파괴해가며 그를 잡기 위해 혈안이 되고, Mr. 폭스와 가족은 물론 이웃들까지도 식량 하나 없는 지하 세계에 갇혀버리는 위험에 처한다. 이제 생존권을 되찾고 동물 사회 전체를 구하기 위한 Mr. 폭스의 판타스틱한 작전이 시작되는데...

어느 봄 비바람치던 밤에 세상에 태어난 새끼 돼지 윌버. 너무 조그맣다는 이유로 윌버는 곧장 죽을 위험에 처하지만, 농장의 철부지 어린 딸 펀(다코타 패닝)의 도움으로 삼촌네 농장에서 다른 동물들과 함께 지내게 된다. 친구를 사귀고 싶어하는 윌버의 바람과는 달리 동물들은 자기네끼리 무슨 비밀을 감춘 듯 윌버를 멀리 대한다. 그때 어디선가 들려오는 다정한 목소리. 그 목소리의 주인공은 농장 천장에 사는 거미 샬롯으로, 샬롯은 윌버의 친구가 되어 주기로 약속한다. 언제나 자신의 편이 되어 주는 어린 펀과 새로운 친구 샬롯까지 만난 아기 돼지 윌버는 하루하루가 너무 행복하기만 한데… 행복한 시간도 잠시, 윌버는 여물통 밑에 사는 까칠한 쥐 템플턴으로부터 지금까지 동물들이 쉿쉿~ 감춰왔던 충격적인 비밀을 듣게 된다. 그것은 겨울이 오기 전 윌버는 햄이 되어 식탁에 올라갈 운명이라는 것! 첫 눈을 기다리며 설레여 하던 윌버는 다리 휘청이는 이 소식에 금새 울상이 되고, 샬롯은 윌버를 위로하며 끝까지 윌버를 지켜주겠다고 약속한다. 그리고 모두가 잠이 든 그날 밤, 샬롯은 윌버를 위해 그 누구도 생각하지 못했던 특별한 기적을 준비하는데…