Dvadsať rokov po udalostiach Matrix Revolutions žije Neo zdanlivo obyčajný život ako Thomas A. Anderson v San Franciscu, kde mu jeho terapeut predpisuje modré kapsule. Ani on, ani Trinity sa navzájom nespoznávajú. Morpheus mu však ponúkne červenú kapsulu a znovu otvorí jeho myseľ svetu Matrixu.
Svet už nepatrí ľuďom, ale veľkým korporáciám. Západné krajiny postihol úpadok, civilizácia sa presunula do Ázie. Ľudia majú v mozgoch čipy s množstvom zakódovaných informácií a hrozí im nervový kolaps. Bude to už v roku 2021, ako sa dozviete z filmu JOHNNY MNEMONIC.
Proces zvaný celulárna miniaturizácia vyvinuli nórski vedci ako jeden z liekov na hroziace preľudnenie planéty. Malí ľudia menej zjedia a zaberú menej miesta, to dá rozum. A aby do tohto programu vstupovalo čo najviac ľudí, sprevádzajú ho gigantické ekonomické výhody a trvalý pobyt v mini-milionárskom raji Leisureland. Vidina zbohatnutia do programu privedie aj Paula Safranka a jeho ženu Audrey. Sú to bezdetní štyridsiatnici s nudnou prácou a neútulným bytom. Po absolvovaní vstupného pohovoru nasleduje potrebná úprava (všetok telesný porast a plomby musia preč) a potom už narkóza a samotná miniaturizácia. Keď sa desaťcentimetrový Paul prebudí “na druhej strane”, dozvie sa, že Audrey nakoniec vycúvala. Bohatý, ale opustený Paul našťastie dlho nesmúti a nájde si nových “priateľov”, srbského playboya Dušana a jednonohú vietnamskú disidentku.
Medzinárodní priemyselní špióni na čele s Petrom Beaupreom (Olek Krupa) chcú získať tajný raketový čip ukrytý v detskom autíčku. Keď ich tašku na letisku vezme popletená pani Hessová (Marian Seldesová), autíčko od nej doputuje k malému Alexovi Pruittovi (Alex D. Linz). Zločinci rýchlo vypátrajú, kto ho má, ale netušia, že v malom chlapcovi majú silnejšieho a prefíkanejšieho protivníka.