Le film propose deux histoires : "Ishi Okoshi" (the Waking Rock) et "Ayashiki Raihôsha" (the Strange Visitor). Dans la première histoire, Takashi Natsume croise par hasard la route d'un yôkai prénommé Mitsumi. Ce dernier a pour mission d'éveiller Iwatetsu, un yôkai de rang divin. Dans la seconde histoire, Kaname Tanuma fait la connaissance d'un homme mystérieux qui, par la suite, va lui rendre visite régulièrement. Cette nouvelle amitié l'enchante mais Natsume reste méfiant : il sait que cet homme est un yôkai et il s'inquiète pour son ami. Une méfiance fondée puisqu'au bout d'un certain temps, la santé de Tanuma se détériore.

Par-delà les hautes Montagnes Noires se cache un royaume peuplé de créatures fantastiques. Depuis des siècles, elles protègent du monde des hommes une source de vie éternelle aux pouvoirs infinis. Jusqu’au jour où Naya, la nouvelle élue de cette forêt enchantée, rencontre Lucas, un jeune humain égaré dans les montagnes. À l’encontre des règles établies depuis des millénaires, ils vont se revoir, sans prendre garde aux conséquences qui s’abattront sur le royaume. L’aventure ne fait que commencer.