Dvacet let po událostech filmu Matrix Revolutions žije Neo zdánlivě obyčejný život Thomase A. Anderson v San Francisku, kde mu terapeut předepisuje modré kapsle. On ani Trojice se navzájem nepoznávají. Morfeus mu však nabídne červenou kapsli a znovu mu otevře mysl do světa Matrixu.

Píše se rok 1983. Red Miller a Mandy Bloom jsou dva outsideři, kteří spolu žijí láskyplným a poklidným životem na americkém severozápadu. Když ale jejich útočiště obklopené borovicovými lesy zničí náboženská sekta, v jejímž čele stojí sadistický Jeremiah Sand, Red se vydává na fantasmagorickou cestu lemovanou ohněm a potřísněnou krví.

Hrdiny filmu je manželský pár z Omahy, příslušníci nižší střední třídy, kteří si chtějí koupit účast v projektu zmenšování lidí na miniaturní velikost. To vše proběhne v rámci chirurgického zákroku – operace, kterou vymyslel jeden norský vědec proto, aby se na Zemi snížila spotřeba zdrojů a současně lidé ušetřili na životních nákladech. Se svými úsporami 150 000 dolarů však manželé dostane nabídku, že se mohou dostat mezi smetánku nové komunity, pokud se podrobí navrhované radikální proceduře...

Na Zemi havaruje vesmírné plavidlo. Tato havárie je vidět z obrovské dálky a tak je na místo havárie ihned vyslán místní šerif. Po příjezdu zjišťuje, že se k nám z vesmíru dostal velmi nebezpečný tvor, který neztrácí čas a hned začal zabíjet. Je tedy nutno přijít na způsob, jak vychytralého zabijáka zničit, než zničí on nás.