Neo etsii epätoivoisesti totuutta Matrixista, josta puhutaan vain kuiskaten. Hän on varma, että se jollain sanoinkuvaamattomalla tavalla ohjailee hänenkin elämäänsä. Morpheus on elävä legenda, maailman vaarallisin mies, jolla Neo uskoo olevan vastaukset kaikkiin kysymyksiinsä. Morpheus puolestaan haluaa välttämättä löytää Neon. Hän uskoo, että Neo on "Valittu", jota odottaa suuri tehtävä. Kun miehet kohtaavat alkaa huikea ja samalla epätoivoinen kamppailu pelottavaa vihollista vastaan.

Neo. Trinity. Morpheus. He ja muut sankarit seisovat joko voiton tai hävityksen partaalla eeppisessä sodassa koneita vastaan tässä upeassa Matrix-trilogian viimeisessä osassa. Neolle tämä merkitsee menemistä Konekaupungin sydämeen, mullistavaan välienselvittelyyn räjähdysmäisesti voimakkaamman luopio-ohjelma Smithin kanssa.