يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.

قصة حزن تدور أحداثها في هونغ كونغ عام 1962. تكتشف امرأة ورجل يعيشان في نفس مبنى سكني مزدحم أن الزوج والزوجة على علاقة غرامية.

عندما يتم استدعاء مفتش هونغ كونغ لي إلى لوس أنجلوس للتحقيق في عملية اختطاف ، لا يريد مكتب التحقيقات الفيدرالي أي مساعدة خارجية ويكلف المحقق جيمس كارتر المغرور في شرطة لوس أنجلوس بإلهاء لي عن القضية. لا يكتفي "لي" و "كارتر" بمشاهدة الحدث من الخطوط الجانبية ، حيث يشكلان شراكة غير محتملة ويتحققان في القضية بأنفسهما.

يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).

يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.

بعد سنتين من مقتل ابنه ووالده، يشرع قاتل مأجور متقاعد في تنفيذ خطة مُحكَمة بعناية للانتقام من أخيه، ذلك القاتل الذي غدر بالعائلة.