Film ispirato alla vita dell'assassinato Robert Stroud, il quale diventò famoso a livello internazionale mentre era in prigione per il suo ritrovato interesse per gli uccelli.

Frank Morris, reo di molte fughe dalle carceri statunitensi, viene trasferito al penitenziario di Alcatraz, famoso per le condizioni che vi rendevano impossibile le evasioni. Benchè di carattere chiuso, Morris fa alcune amicizie: Doc, il pittore timido che si taglia le dita di una mano quando gli tolgono il permesso di pitturare; Litmus, un italiano; il negro English che apprezza il nuovo arrivato e lo protegge, Charley, l'indeciso che non giungerà all'appuntamento della fuga. Frank, inoltre, ben presto dovrà rilevare la durezza del carcere speciale e la disumanità del suo direttore. Quando al penitenziario pervengono i fratelli Clarence e John Anglin, già conosciuti altrove, Morris si decide e propone un piano di fuga che viene minuziosamente realizzato.

L'agente Leon S. Kennedy è in missione per salvare il dottor Antonio Taylor dai rapitori, quando una donna misteriosa ostacola il suo inseguimento.

Nel 1938 il giovane Henri Young (Kevin Bacon) viene incarcerato ad Alcatraz, per aver rapinato alcune banche prendendo in ostaggio persone e minacciandole. Nel carcere, governato dai sadici direttore James Humson (Stefan Gierasch) ed il condirettore Milton Glenn (Gary Oldman), subisce trattamenti disumani, come l'isolamento e torture nelle segrete della prigione, per tre anni. Uscito dall'isolamento, uccide con un cucchiaio il detenuto Rufus McCain, che aveva fatto da spia sul suo tentativo di evasione. Young finisce sotto processo per omicidio e la sua sorte sembra già segnata, ma trova il giovane avvocato James Stamphill (Christian Slater) che mette sotto accusa l'ideologia penale di Alcatraz e tutto il sistema carcerario americano.

The Rock veniva chiamata la prigione di Alcatraz, chiusa nel 1963. La leggenda racconta che mai un solo detenuto sia riuscito a evadere da quella "rocca" situata proprio nel mezzo della baia di San Francisco. È proprio in quella prigione, divenuta meta turistica, che un generale dei marines nasconde tre missili con testate di gas nervino: vuole protestare per come il governo ha trattato i reduci del Vietnam. Se non gli daranno un centinaio di milioni di dollari farà esplodere i missili su San Francisco. A risolvere la situazione vengono chiamati un chimico e un ex agente inglese, l'unico detenuto che sia riuscito, trent'anni prima, a evadere da Alcatraz. Complice un certo pentimento del generale, i due riescono nell'impresa.

Reese e Walker sono due ex compagni di galera. Di nuovo insieme decidono di compiere una rapina ai danni di un gruppo di gangster. Reese però si tiene anche la parte di Walker che si mette allora sulle tracce di Reese aiutato da un misterioso personaggio che si fa chiamare Yost.

Quando l'ispettore Harry Callaghan riesce a sventare una rapina con ostaggi in un negozio di liquori nel suo solito modo poco ortodosso, viene degradato e rispedito a fare lavoro d'ufficio. Ma non per molto. Quando alcuni terroristi rapinano un magazzino di armi e danno inizio ad un delirante e sanguinoso ricatto, i pezzi grossi di San Francisco si rivolgono immediatamente a Callaghan.

Joe Krozac è un gangster finito in galera per evasione fiscale. Nel frattempo sua moglie, che in tutta buonafede lo credeva innocente, s'innamora di un giornalista che le svela la verità sul marito. Scontata la pena, Joe esce di galera con fieri propositi di vendetta nei confronti della moglie.

Lupin vuole impossessarsi di una mappa dei fondali di San Francisco, perché proprio nei fondali vi dovrebbe essere un veliero carico d'oro. Nella sua ricerca del tesoro Lupin scoprirà la verità sull'assassinio di Kennedy e sulla sua correlazione con un segreto celato nei sotterranei della leggendaria prigione di Alcatraz.

Sasha Petrosevich, agente dell'FBI infiltrato in un'organizzazione criminale, viene ferito durante un agguato e, per non far saltare la copertura, decide di farsi incarcerare insieme al capo della banda nel super-tecnologico carcere di New Alcatraz. All'interno della struttura però, penetra un'altra banda, composta da criminali feroci e addestrati, decisi a farsi dire da un condannato a morte dove sia il nascondiglio di una partita d'oro di 200 milioni di dollari, frutto di un colpo colossale. Gli agenti dell'FBI sono impotenti, e così Petrosevich, con il rischio di perdere la copertura faticosamente conquistata, si mette a capo dei detenuti per respingere l'invasione.