Im September 1973 verschwindet der Sohn des amerikanischen Geschäftsmannes Ed Horman (Jack Lemmon) in Chile spurlos. Mit seiner Schwiegertochter reist Ed nach Santiago und macht sich auf die Suche, die von den Behörden offensichtlich behindert wird. Als es Ed gelingt in das Stadion von Santiago zu gelangen, wo die politischen Häftlinge zusammen gepfercht werden, findet er den Leichnam des ermordeten Sohnes und nimmt ihn mit in die USA, deren Verstrickung in den Putsch gegen Präsident Salvador Allende der Film nach und nach enthüllt.
In Dallas wird ein Bürogebäude in die Luft gesprengt. Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully – nach Schließung der X-Akten zur Anti-Terror-Einheit versetzt – versuchen, den Fall aufzuklären. Im Zuge der Ermittlungen lernen sie den Schriftsteller Dr. Kurtzweil kennen, der ihnen von einer großangelegten Verschwörung erzählt: Außerirdische planen gemeinsam mit der einflußreichen Organisation „Das Syndikat“ die Übernahme der Erde. Und die Kolonisation, die sich mittels eines mutierten Virus ausbreitet, schreitet rapide voran …
Eine Gruppe von Holzfällern aus Arizona gerät in den Verdacht, ihren Freund Travis umgebracht zu haben. Die Holzfäller beteuern jedoch, Travis sei von Außerirdischen entführt worden. Die Polizei will ihnen keinen Glauben schenken. Fünf Tage später taucht Travis jedoch wieder auf - schwer verstört und splitternackt. Nur schwer gewöhnt er sich wieder an das tägliche Leben. In seinen Alpträumen läßt er die schrecklichen Ereignisse an Bord des UFO's Revue passieren.
Im US-Bundesstaat New Mexico in den 1950er Jahren: Die junge Telefonistin Fay Crocker (Sierra McCormick) und der charismatische Radio-DJ Everett (Jake Horowitz) machen eines Abends eine verblüffende und gleichsam rätselhafte Entdeckung. Sie stoßen auf eine seltsame Tonfrequenz unbekannten Ursprungs. Sehr wahrscheinlich könnte sie nachhaltige Konsequenzen für ihre Kleinstadt Cayuga und die Zukunft nach sich ziehen. Doch wer oder was steckt hinter dem Phänomen? Während sich der Rest der Stadt bei einem Highschool-Basketballspiel versammelt hat und das Sportereignis verfolgt, machen sich die beiden jungen Leute gemeinsam auf die gefährliche, mit zahlreichen Hinweisen gespickten Suche nach der Wahrheit und stoßen damit in unbekanntes Terrain vor. Ihr Vorhaben entwickelt sich zu einer Jagd ins Ungewisse...