Durante a segunda guerra entre China e Japão, em 1937, John Miller (Christian Bale) chega a uma igreja católica para providenciar o enterro de um padre. Uma vez lá, ele se depara com jovens estudante de um convento e prostitutas de um bordel próximo do local. Solitário, acaba se tornando protetor dos dois grupos heterogêneos, constantemente em pânico devido ao consecutivos estupros e execuções promovidas pelos homens do exército japonês.

Hamburgo, Alemanha, 1939. A passagem a bordo do transatlântico St. Louis parece ser a última esperança de salvação para mais de novecentos judeus alemães que, desesperados por escapar à perseguição atroz a que são sujeitos pelo regime nazi, pretendem emigrar para Cuba.