يدرك أحد قراصنة الكمبيوتر أن ما يعتبره معظم الناس واقعًا هو في الحقيقة محاكاة يتم إنشاؤها بواسطة آلات، فينضم إلى المتمردين ليتحرر.
فيكتور نافورسكي رجل بلا وطن. أقلعت طائرته فور انفجار انقلاب في وطنه ، وتركه في حالة من الفوضى ، والآن تقطعت به السبل في مطار كينيدي ، حيث يحمل جواز سفر لا يعرفه أحد. أثناء وجوده في الحجر الصحي في صالة العبور حتى تتمكن السلطات من معرفة ما يجب فعله معه ، يستمر فيكتور ببساطة في العيش - ويقيم الرومانسية مع مضيفة طيران جميلة.
يصبح (نيو) آخر آمال البشر، فهو الوحيد القادر على فعل المعجزات، ويحاول (نيو) أن ينقذ مدينة زيون التي سوف تقع قريبًا تحت حصار الآلات. يضع الجميع بقيادة (مورفيوس) ثقتهم الكاملة في (نيو)، ويعلقون عليه الآمال بإنهاء الحرب مع الآلات، لا سيما وهم مؤمنون بالنبوءة التي تتوقع نجاحه. يقرر (نيو) وحبيبته (ترينتي) مرافقة (مورفيوس) إلى الماتريكس لمحاولة الوصول إلى قلب النظام عن طريق صانع المفاتيح. في الوقت ذاته ينجو العميل (سميث) من الإلغاء، ويصبح أكثر قوة عن ذي قبل، ويضع نصب عينه هدفًا أساسيًا هو ملاحقة (نيو).
تهبط سفينة فضائية ضخمة إلى الغلاف الجوي للأرض، وتتسبب في فوضى بجميع الاتصالات داخل الكوكب، ثم يكتشف أحد العلماء نية الكائنات الفضائية في ضرب جميع النقاط الحيوية بالأرض من أجل احتلال الكوكب، وتبدأ من هنا الحرب بين البشر وتلك الكانئات الفضائية.
يكتشف نيو (كيانو ريفز) أنه بطريقة ما قادر على استخدام قوته في العالم الحقيقي، وأن عقله باستطاعته التحرر من جسده؛ ولذلك يجد نفسه إذ فجاة محاصرًا في محطة قطار ما بين العالم الحقيقي والماتركس. في أثناء كل هذا تستعد زيون (ريني ناوفاهو) لحرب شعواء ضد الماكينات رغم صعوبة فوز زيون بتلك الحرب. وبين هذا وذاك لا يعلم كلا الطرفين أن هناك طرفًا ثالثًا يسعى للقضاء على العالم كله.
يجتمع كاي وجاي لتقديم أفضل خط دفاع لنا ، وأخيراً ، والوحيد ضد الفاتنة الشريرة التي تقاوم أقوى بيان مهمة لـ MIB - تحدي حماية الأرض من حثالة الكون. لقد مرت أربع سنوات منذ أن تجنب العملاء الباحثون عن الفضائيين كارثة بين المجرات ذات أبعاد أسطورية. الآن هو سباق مع الزمن حيث يجب على جاي إقناع كاي - الذي ليس لديه أي ذكرى على الإطلاق للوقت الذي أمضاه مع MIB فحسب ، ولكنه أيضًا الشخص الحي الوحيد المتبقي مع الخبرة لإنقاذ المجرة - لم شمله مع MIB من قبل تخضع الأرض للدمار النهائي.