رمی حس بسیار پیشرفته ای از بویایی و چشایی دارد. و این چیزی است که زندگی را برای موجودی که به عنوان یک موش آشغال خور شناخته می‌شود، مشکل می‌کند!
۴ دوست در باغ وحشی در نیویورک زندگی می‌کنند: الکس (شیر)، مارتی (گوره خر)، ملمان (زرافه) و گلوریا (اسب آبی). با گم شدن یکی از آن‌ها بقیه به دنبال او اسیر شده و به طور ناخواسته داخل قفس به آفریقا برگردانده می‌شوند و در همین حین یک اتفاق در دریا آن‌ها را به سمت سواحل ماداگاسکار می‌کشاند. آن‌ها با ورود به دنیای وحش با یک بومی ماداگاسکاری که نوعی میمون است آشنا می‌شوند. سرانجام قهرمان داستان ما با واقعیت‌های مقدر شده طبیعت مواجه می‌شود و…
موشی به نام فیول ماوس‌کویتز همراه با خانواده‌اش برای رسیدن به آزادی از روسیه به آمریکا مهاجرت می‌کند. در سفر فیول خانواده‌اش را گم می‌کند و حالا علاوه بر تلاش برای زنده ماندن در این شهر جدید باید خانواده‌اش را نیز پیدا کند…
یک موش جوان، موش کور و خارپشت زندگی خود را به خطر می‌اندازند تا درمانی برای دوست گورکنشان که توسط انسان‌ها مسموم شده است پیدا کنند…