Le samouraï Shinbei Uryu dénonce la corruption de son supérieur mais sa démarche est rejetée. Il est expulsé du clan. Peu de temps après, sa femme Shino tombe gravement malade et meurt. Juste avant sa mort, elle demande à Shinbei Uryu de lui faire la promesse de regagner le clan et d'aider Uneme Sakakibara. Shinbei Uryu et Uneme Sakakibara furent autrefois des amis, mais ils sont devenus des rivaux pour gagner l'affection de Shino. Uneme Sakakibara est également lié à l'exil de Shinbei Uryu.

En 1879, Kenshin se bat avec ses alliés contre son plus grand ennemi : son ancien beau-frère Enishi Yukishiro, entouré de ses sbires qui ont juré de se venger.

Kyoto, au XVIIe siècle. Ishun est un grand parcheminier qui vit avec sa seconde épouse, Osan, plus jeune. Cette dernière ne l'a épousé que pour sauver sa famille du déshonneur. Amoureuse du secrétaire de son mari, qui doit fuir après avoir commis une escroquerie, elle le rejoint. Tous deux s'unissent pour tenter d'échapper à leur destin tragique : la crucifixion qui châtie l'adultère.

Le Japon entre 1543 et 1562. Kansuke Yamamoto rêve d'un pays unifié et apaisé. Il entre au service du chef de clan Shingen Takeda et devint son général et conseiller, prêt à parvenir à son but par tous les moyens.

Lors d’une chasse au cerf, un haut dignitaire royal venant d’Edo, tue d’une flèche dans le dos un fermier trop lent à s’écarter de son chemin. Puis il blesse grièvement d’une flèche dans l’œil le daimyo local (seigneur du fief) venu protester contre la première agression. La rudesse et la cruauté du tyran va susciter la haine chez certains membres du clan, qui vont s’organiser pour le piéger et le tuer. Son fidèle serviteur, commandant des troupes, va se battre jusqu’au bout pour défendre ce chef qu’il juge pourtant bien inhumain.

A l'aube de la Restauration de l'empereur Meiji, un samouraï de basse caste, Munezo Katagiri, secrètement amoureux de la servante Kie, se trouve pris dans les luttes politiques entre clans. On lui ordonne de tuer son ancien ami Hazama, condamné à la suite d'un complot qui a ébranlé le clan. Il est écartelé entre son devoir, son amour impossible pour Kie, d'une caste inférieure, et la fidélité à son compagnon de sabre...

L'histoire raconte l'histoire d'un groupe de samouraïs qui se sont retrouvés sans chef (devenus ronin) après que leur daimyo (seigneur féodal) ait été forcé de commettre un seppuku (suicide rituel) pour avoir agressé un fonctionnaire de la cour nommé Kira Yoshinaka, dont le titre était Kōzuke no suke. Les ronin ont vengé l'honneur de leur maître après avoir patiemment attendu et planifié pendant plus d'un an pour tuer Kira. À leur tour, les ronin ont eux-mêmes été contraints de commettre un seppuku pour avoir commis le crime de meurtre.

Sur la route, le Loup à l'enfant est provoqué en duel à cinq reprises par les meilleurs guerriers du fief Kuroda, chargés de vérifier son invincibilité avant de lui confier une mission cruciale : tuer le moine Jikei qui s'apprête à trahir leur suzerain en remettant au clan Yagyû un document compromettant : Kuroda, amoureux fou de sa concubine et manipulé par elle, a en effet signé un décret interne faisant de leur fille son héritière, au détriment de son fils légitime. Ogami accepte le travail et part à la recherche du moine. Mais le clan Yagyû est prêt à tout pour récupérer le document qui lui permettra, au nom du Shôgun, de démanteler le fief Kuroda et de récupérer ses territoires.

Incapable de venir à bout d'Ittô Ogami, Retsudô Yagyû n'a plus les faveurs du Shôgun. Ce dernier, qui ne croit plus aux chances d'un règlement secret de l'affaire, est sur le point de reconnaître officiellement l'existence du trublion Ogami alias Le loup à l'enfant et d'ordonner son arrestation par décret. Retsudô joue alors sa dernière carte pour regagner la confiance de son maître : la magie noire, arme déloyale personnifiée par le dernier de ses fils, Hyoé, fruit d'une liaison adultère, et qu'il avait pour cause toujours caché. Le dernier rejeton du presque déchu Retsudô Yagyû va lancer contre Le loup à l'enfant ses mygales ninjas aux redoutables pouvoirs surnaturels…

Naomitsu second fils de la famille Hatakeyama et sa fiancée la princesse Ako sont forcés de s'enfuir suite à une conspiration menée contre celui-ci. Durant leur fuite, ils tombent nez à nez avec un bandit du nom de Tajomaru. Après que Naomitsu soit parvenu à le tuer, il va décider de prendre la place de celui-ci. Il espère ainsi réussir à prendre sa revanche sur ses ennemis et retrouver sa place.

Ryoma Sakamoto, un idéaliste japonais considéré comme étant à l’origine de la chute du régime féodale (période nommée Bakumatsu 幕末, c’est le titre original). Cet homme rêvait de permettre au Japon de s’ouvrir au monde Occidental afin de se moderniser. Mais surtout de pouvoir rivaliser avec ces puissantes nations de l’Ouest lors d’éventuelles futures batailles. Ses idées dérangent, très vite Sakamoto est rejeté de son clan puis chassé par le gouvernement qui le considère comme un rebelle. En pleine chute du régime féodal, Ryoma Sakamoto est l’ennemi de tous, aussi bien des loyalistes (soutenant l’empereur) que des inconditionnels du Shogun. (Source : Wildgrounds)

Le 21 octobre 1600, la bataille de Sekigahara marque la fin de l'ère Sengoku. Elle a lieu entre l'armée occidentale, dirigée par Mitsunari Ishida, et l'armée de l'Est, menée par Ieyasu Tokugawa. Ce dernier tente avec avidité de garder la main sur la nation. Bien que plus nombreuse, l'armée de l'Ouest subit des pertes sur le champ de bataille. Hatsume a été envoyée pour espionner Mitsunari Ishida mais tombe amoureuse de lui.

Au XIIe siècle, les guerres de clans font rage au Japon. Le prince Yoshitsune est pourchassé par son frère aîné, jaloux de sa récente victoire sur le clan Heike. Yoshitsune prend la fuite, aidé par six fidèles vassaux déguisés en moines pour tromper leurs poursuivants. Mais avant de quitter le territoire, il leur faut traverser le poste-frontière d’Ataka, minutieusement gardé par les hommes de son frère…

De passage dans une auberge, Zatoichi se trouve fortuitement au chevet d'une femme à l'agonie et recueille ses dernières volontés : retrouver le géniteur de son enfant, un nommé Shokichi, artiste peintre au village de Maébara. Arrivé à destination, le masseur découvre bientôt que le père est mêlé contre son gré à un trafic d'œuvres d'art érotiques dirigé par le gouverneur local. Dès lors, deux défis attendent notre justicier aveugle : arracher Shokichi des griffes du clan yakuza à la solde de l'officier corrompu ; et convaincre l'espion shogunal Jushiro Akatsuka, dépêché sur place pour étouffer l'affaire, de l'innocence de son protégé.