Film przedstawia historię znaną z mangi i anime, która została przedstawiona z perspektywy Hiroto Suwy. Dodatkowo ukazuje całkiem nowe wątki, które dzieją się po zakończeniu anime Orange.
Minął rok od powrotu ducha Menmy do Super Peace Busters. Chociaż czas, jaki spędzili razem tego lata, był krótki, pięciu członków wspomina o tym, co się wydarzyło, pisząc list do zaginionego przyjaciela.
W 123 roku Powszechnego Stulecia, potyczki między rządem Federacji a grupą rebeliantów Crossbones Vanguard odbijają się echem w koloniach kosmicznych Ziemi. Jedna z tych małych bitew ma miejsce w rodzinnym mieście młodego Seabooka Arno, zmuszając go i jego przyjaciół do ucieczki i skazując ich na polityczne zamieszanie, które szybko przekształca się w wojnę totalną. Seabook spotyka Cecily Fairchild, wnuczkę arystokratki Meitzer Ronah, która stara się stworzyć nową potęgę polityczną o nazwie „Cosmo Babylonia”. Używając Crossbone Vanguard jako swojego mięśnia, rodzina Ronah planuje przywrócić arystokratyczne rządy i ustanowić system gospodarczy, który przyniesie korzyści szlachcie, niszcząc w ten sposób jakość życia zwykłych ludzi na Sferze Ziemi. Seabook ma za zadanie pilotować Gundam F91, mobilny kombinezon stworzony przez jego matkę, i musi wybierać między ochroną status quo Federacji a współpracą z Cecily, aby znaleźć lepszy sposób na życie dla wszystkich.
Siedemnastoletnia Tita, kapitan statku Cha Cha Maru jest jedną z kolonistek planety Yietta korzystających z dobrodziejstw unikalnych oceanów płynnego gazu. Razem ze swoją załogą specjalizuje się w pozyskiwaniu egzotycznych form życia zamieszkujących owe oceany i ich sprzedażą międzygalaktycznym sklepom ze zwierzętami. Pewnego dnia, podczas drogi do pracy staje się świadkiem pościgu młodej dziewczyny przez wojsko. Postanawia jej pomóc nie wiedząc jeszcze jakie będą tego konsekwencje. Po udanej ucieczce okazuje się, iż Tita wpakowała siebie i swoją załogę w poważny konflikt, jednak dziewczyna się nie poddaje i postanawia pomóc swojej nowej znajomej Elysse rozprawić się z ludźmi, chcących pozyskać od niej informacje, które ujawnione mogą zagrozić bezpieczeństwu całej planety.