剧情承接TV动画版第24集，《新世纪福音战士剧场版：THE END OF EVANGELION》（日语：新世紀エヴァンゲリオン 劇場版 THE END OF EVANGELION - Air/まごころを、君に）（英语：NEON GENESSI EVANGELION:：END OF EVANGELION - AIR/SINCERELY YOURS）是《新世纪福音战士》系列第二部剧场版，于1997年7月19日在日本上映。包括了重新制作的第25、第26话。在这部剧场版中第25话的名字是“AIR”（天空），而副标题是“LOEV IS DESTRUCTIVE”（爱是一种伤害）；第26话的名字是“YOUR SINCERELY”（真心为你），副标题是“ONE MORE FINAL：I NEED YOU”（再说最后一遍：我需要你）。剧场版的每一话都和电视版一样有一个“EYE - CATCH”镜头（即每集中间那个黑底白字的英文标题）。这部剧场版标志着整个旧世纪《新世纪福音战士》的终结。 影片分成“Air”与“真心为你”两个部分。神秘的EVA零号机驾驶员绫波丽，在与碇元度约定之时，来到了NERV底层中央教条的红色水池边。她的命运似乎就将在此结束。 在危急时刻，葛城美里不但要完成加持良治交待的对“第二次浩劫”真相以及“人类补完计划”的探查工作，还要保护碇真嗣与明日香，以及防备SEELE 对初号机与二号机的物理接触。 出于对碇元度的憎恨，赤木律子接受了SEELE引爆MAGI的提案，她能否成功？长期与SEELE共事的碇元度、冬月耕造、碇唯，为了防止人类“最终的悲剧”，而酝酿了的“人类补完计划”能否实现？尽在《新世纪福音战士》电影版第2部中解答。
故事分五章进行。二战中德占法国，德军上校汉斯（克里斯托弗·瓦尔兹 Christoph Waltz 饰）号称“犹太猎人”，在一次屠犹行动中，少女苏珊娜（梅勒尼·劳伦特 Mélanie Laurent 饰）侥幸逃脱。与此同时，八名美国犹太士兵在中尉奥尔多（布拉德·皮特 饰） 的带领下潜入德占法国刺杀德国军人，其行动神出鬼没，手法残忍，对德军造成相当威胁，被称为“杂种”。三年后苏珊娜来到巴黎继承了姑母的电影院，结识了德国战斗英雄，电影《国家荣耀》的主演弗里德里克（丹尼尔·布鲁赫 Daniel Brühl 饰）。对苏珊娜一见钟情的弗里德里克说服德国宣传部长约瑟夫·戈培尔（西尔维斯特·格洛斯 Sylvester Groth 饰）在苏珊娜的影院首映《国家荣耀》，希特勒（马丁·乌特克 Martin Wuttke 饰）本人也将出席。苏珊娜决定借放映之机烧毁影院；而在德国间谍女演员布里奇特（戴安娜·克鲁格 Diane Kruger 饰）的安排下，英美联合的刺杀行动“奇诺”也将在首映当晚行动……
肖恩（西蒙·佩吉 Simon Pegg 饰）事业不如意，爱情也不怎么顺心。认识了一帮同样游手好闲的朋友，整天和他们厮混，包括皮特，和只会打机和讨人厌的艾德。难得肖恩为了女朋友振作一次，却遭到同事嘲笑，女友也不能会意，肖恩只有继续和朋友醉酒纵乐。 但这天整个城市却有了翻天覆地的变化。僵尸入侵了，只要是被他们咬到的人，都会随之变成僵尸。而肖恩正和艾德在酒吧里豪饮，却发现陷入僵尸的重重包围中。现在肖恩必须拿出英雄气概，去捍卫家人朋友。
前科累累的惯犯嗨（尼古拉斯·凯奇 Nicolas Cage 饰）同狱警艾德（霍利·亨特 Holly Hunter 饰）一见钟情，两人喜结连理。之后，嗨决定为了爱妻痛改前非做个好人。非常喜欢孩子的艾德发现自己居然无法生育，终日郁郁寡欢，嗨看在眼里十分痛心。镇上的大亨亚利桑纳（特雷·威尔逊 Trey Wilson 饰）家诞下了五胞胎，听闻此事，艾德和嗨甘愿冒险，从大亨处偷了一个名叫尼尔森二世的婴儿。终于有了孩子艾德十分幸福，嗨却逐渐感到了作为一名父亲的压力。丢失了孩子的大亨十分焦急，报案之后警察却对案件毫不上心，此时，一名自称“地狱使者”的壮汉找到大亨，打包票能帮他寻回儿子。 嗨的家里也是一团糟，两名囚犯越狱前来投奔嗨，他们发现婴儿身价不菲将其劫走。与此同时，嗨得罪过的上司也发现了婴儿的秘密，并以此要挟嗨对他百依百顺。千钧一发之际，为了妻儿，为了保护他所爱的人们，嗨不得不重出江湖。
斯蒂芬尼（盖尔•加西亚•贝纳尔 Gael García Bernal 饰）是一个充满奇思妙想和新鲜念头的小伙子，他从墨西哥来到法国，并在亲戚的帮助下找到了这份机械枯燥的办公室工作。斯蒂芬尼喜欢做梦，梦里有着各种奇妙的事情；因为害羞他在女孩面前十分拘谨。这天，斯蒂芬尼搬来了一个新邻居——那个笑容温暖的邻居女孩有着和他一样得名字：斯蒂芬尼(夏洛特•甘斯布 Charlotte Gainsbourg 饰)。斯蒂芬发现她的想象力天赋和自己竟然十分相似。他们用只属于彼此的方式交往着，命运的连结也由此开始。
花言巧语的小镇青年吉姆在百货公司得到一份看门人的工作，在他当班的第一个晚上发现自己与镇上最富有的商人女儿，也是最漂亮的女孩茱茜一同被锁在店铺内。离家出走的茱茜决心要去洛杉机，不过首先还是的把今晚混过。没多久，一种关系就在两人间发展着，仅仅是在小偷闯入时被打断 。
阿兰和玛丽搬到了他们梦想的郊区房子。 但房地产经纪人警告他们：地下室里的东西很可能永远改变他们的生活。
马德里竞技俱乐部的超级巨星迭戈因暴力行为被禁赛，他收到了最后通牒 — 要么改过自新，要么在替补席度过本赛季余下的比赛。在与受雇帮助他的隐居心理学教授阿历克斯发生冲突后，两人克服了分歧，并发现生活不仅仅是足球和学术
三个全副武装的军人一起出逃。他们是宰勋、民在和东民。三个人的级别、故乡各不相同，各自有着不为人知的理由和伤口踏上逃亡之路。大部队渐渐追击上来，把三个人逼至角落。年龄最小的东民开始体力不支，渐渐落后。三个疲惫不堪的士兵暂时落脚在战壕里避身。东民拿出一张黄色的纸条，上面写着当出曾虐待他的长官的名字。回忆起当时的惨景，东民愤怒不已。民在很担心那张纸上有自己的名字。后来，民在和宰勋抛下已经精疲力尽的东民，各自踏上逃亡之路。他们最终扮成猎人逃过此劫。