Au XVIIe siècle, le Japon n'est plus en guerre et le pays est dirigé avec fermeté. Hanshirô Tsugumo, un rônin (samouraï errant) sans travail parmi tant d'autres, décide de frapper à la porte du puissant clan des Ii. Reçu par Kageyu Saitô, l'intendant du clan, il lui demande la permission d'accomplir le suicide par harakiri dans la résidence. Tentant de l'en dissuader, Saitô commence alors à lui raconter l'histoire de Motome Chijiwa, un ancien rônin qui souhaitait accomplir, lui aussi, le même rituel.

À la fin du XVIe siècle, sur les rives du lac Biwa, les guerres féodales font rage. Le potier d’un village, Genjuro, et son beau-frère Tobei décident de rejoindre la ville, l’un rêvant de faire fortune, l’autre de devenir samouraï. Sur un marché, Genjuro rencontre la princesse Wakasa qui s’émerveille devant ses créations. Elle l’invite dans son château : ils deviennent rapidement amants, jusqu’au jour où Genjuro découvre que la princesse est un fantôme…

A l'époque du déclin des samouraïs, à l'aube de l'ère Meiji. Seibei Iguchi est un samouraï de basse caste. Devenu veuf, il doit s'occuper seul de ses deux fillettes, de sa mère malade, après de lourdes heures de travail comme gestionnaire d'entrepôt. Comme il rentre toujours tôt, ses amis et voisins le surnomment "Seibei le Crépuscule". Ils lui conseillent de se remarier, mais comme il est pauvre, il devra se contenter de n'importe quelle femme.C'est alors que réapparait la belle Tomoe, son amour de jeunesse, qui a divorcé d'un mari brutal. Un soir qu'ils sont ensemble, l'ex-mari, en état d'ivresse, les surprend, et provoque Seibei en duel : ce dernier arrive néanmoins à le vaincre avec une simple épée de bois, en usant de techniques enseignées par un vieux maître.La rumeur de sa victoire se répand, et son clan le désigne alors pour mater un samouraï rebelle très dangereux...

En 1573, le Japon est le théâtre de guerres incessantes entre clans rivaux. Le plus puissant de ces clans est commandé par Shingen Takeda. Au cours du siège du château de Noda, Takeda est blessé à mort par un tireur embusqué. Pour éviter que son clan perde de sa cohésion dans des luttes intestines, Shingen demande que sa mort reste cachée pendant trois ans. Un ancien voleur, épargné pour sa ressemblance avec le seigneur de la guerre, fait alors office de doublure avec la complicité des généraux, afin de duper leurs nombreux ennemis à l'affût.

Un aveugle d'aspect pataud fait son irruption dans la petite province de Shimosa. Nommé Ichi, il se fait vite connaître pour ses talents de masseur et pour son habileté surnaturelle aux dés. Mais une autre réputation l'a précédé : en dépit de son handicap, c'est un bretteur hors pair. Et le boss Sukegoro, du clan yakuza Iioka, entend bien s'attacher ses services dans la guerre sanglante qui gronde contre son ennemi irréductible, le clan Sasagawa. Pour Zatoichi, c'est aussi la perspective d'un combat à mort contre Hirate, un mercenaire pour lequel il s'est pris d'amitié…

Ichi, appelé pour masser le seigneur du fief Kuroda, est témoin de la folie du maître. Trois samouraïs, à la demande de l'intendant du han, essayent en vain de le faire taire. Ichi se retrouve pourchassé par les hommes de main du parrain Kanbei, commandités par l'intendant du fief pour que ce terrible secret ne puisse être ébruité. Aidé par Osetsu, jeune femme qui lui rappelle étrangement son prime amour Ochiyo, il gagne Lioka dans l'intention de se rendre sur la tombe d'Hiraté au temple de Sasagawa, tenant la promesse de venir lui rendre hommage un an après sa mort...

Ichi arrive dans une ville où il est rapidement pris à partie par Tobei, un parrain local qui lui demande de l’aider à combattre le clan rival de Doyama. Ichi trouve sur son chemin un vieil homme mourant qui lui confie la jeune Mitsu, et lui fait promettre de la ramener chez son père. Mitsu appartient à une riche famille de commerçants d’Edo, et bientôt les deux clans yakuzas voient en sa capture le moyen de toucher une confortable rançon. Ichi va devoir se frayer son chemin entre les deux gangs et échapper aux griffes vengeresses d’Hisa, la veuve d’un samouraï qu’Ichi fut amené à tuer en combat.

Zatoichi nous revient plus guilleret que jamais, débutant le film par un tournoi de sumotori qu'il remportera avec beaucoup d'énergie. Mais, rassurez-vous, le pessimisme ambiant ne tardera pas à refaire vite surface. La tête de Ichi est mise à prix par un parrain local. Les yakuzas, alléchés par l'argent, n'hésitent pas à s'en prendre à lui et à périr sous sa lame. Cependant, obligé de tuer un jeune yakuza attiré par la prime, Ichi décide de se rendre au village du défunt afin de présenter ses excuses à la mère de celui-ci ainsi que pour trouver qui a mis sa tête à prix...