在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻 2 号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了 2 号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾。与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话。他们三人分别驾驶着零号机、初号机和 2 号机，抵抗了第八使徒猛烈的攻击，在这一过程中，淡淡的情愫悄然在这三个青年男女的心中萌生。不久后，第九、十使徒相继降临，真嗣他们面临着生与死的残酷考验。

全世界被产业革命的浪潮所席卷，从近世即将进入近代之时，突然，不死的怪物出现了。不击穿其被钢铁皮膜所覆盖的心脏就不能杀死的怪物，以及被其所啃咬的人类死后，会复生成为怪物再度袭击人类。被取名为“尸(卡巴内)”的怪物爆发性地增殖，不久就遍布了全世界。 极东岛国·日之本，立于前线与“尸”正面对抗的装备着厚实装甲的蒸汽机关车(通称·骏城)之一——甲铁城。依靠甲铁城生存下来的生驹与同伴在“尸”与人的攻防战地——面日本海的废坑站「海门」，与玄路、虎落、海门的民众组成了“联合军”，定下击退“尸”的策略。 期间，生驹发现海门的“尸”有着被统治并采取着集体行动的特征。将此信息报告给联合军的生驹却并未被理睬，反而被讥讽了自己的“尸人(卡巴内利)”身份。因怒火而失去了冷静的生驹决意单身进入敌方阵营。 另一方的无名，对一直以来支撑着自己的生驹萌芽了前所未有的感情。这时又传来了生驹打算单身一人闯入敌地的消息——。 与“尸”的新的战斗、以及无名与生驹的命运将会如何发展——！？

两个从小长大的朋友，个性是完全不同，一个是为了自认的公平，而做出背叛国家的事，另外一个却是利欲薰心，出卖国家，到底是为何如此呢，正义还是利益？

　　21世纪，一种未知的病毒开始在世界上的各大城市之中蔓延开。几周内已经毁灭了很多地区，到处都是嗜血的僵尸。这种病毒会驱使人嗜血，浑身新陈代谢系统加速运转，直到身体内的养分不能维持机能运作为止，那个时候的世界上出现了一个新物种：不死者。 　　故事分为3个视角开始：一个想要拍摄病毒电影的制作团队来到了一个 小树林中寻找资源，1对从僵尸城市伦敦逃出寻找避难场所的夫妇，还有一组幸存者来到郊外的农场寻找食物和药品。3方面都受到了僵尸群的袭击，而死亡的夜幕也刚刚降临。