I dette japanske dramaet, satt på 1700-tallet, kjemper samurai krigere hverandre i deres søken etter en mester i kjølvannet av en Shogun-mandert desentralisering. Et potensielt offer er tvunget til å utføre ritualet med et treblad. Familien hans forsøker å dekke opp hans degraderende dødsfall.
Joe Coughlin, sønn av Bostons politiinspektør, har vendt ryggen til en streng oppdragelse for å meske seg blant de lovløse. Men det er regler selv blant skurker og Joe bryter en stor en: han kommer på kant med en mektig mafiasjef. Dette setter Joes kurs mot hevn, begjær, svik og romantikk, og driver ham lenger inn i den dampende underverdenen.
Fra fjellene i Sentral-Asia til ørkenen i Egypt, gjennom overfylte gater i Paris til havet under nordpolen, kjemper et team av elitesoldater kalt G.I. JOE. I dette actionfylte oppdraget bruker soldatene det siste av neste-generasjons-spionutstyr og militærteknologi for å bekjempe den slue våpen handleren DESTRO og den økende trusselen fra den mystiske organisasjonen COBRA som kan føre verden ut i det totale kaos.
Når agenten Neil Shaw, etter å ha ligget i skjul kommer tilbake for å hevne mordet på sin mentor, kommer han på sporet av både svik og dødelig korrupsjon. Under sin venn og senatorkandidats kommando, blir hans oppgave å rette opp situasjonen. Men når flere personer dør, forstår Shaw at han er blitt lurt. Nå setter han hardt mot hardt for å løse mordkomplottet som alle tror han står bak. Den politiske heten stiger for hvert sekund i dette actionspekkede kampsporteventyret!