ფილმი დიდებული ჩაპლინის ლონდონურ ცხოვრებას ადრეული ბავშვობიდან აღწერს. მუშაობა, კომუნისტებთან თანამშრომლობის ბრალდებით მისი შვეიცარიაში იძულებითი გამგზავრება, ჰოლივუდში ტრიუმფალური დაბრუნება და დიდებული "ოსკარი" – ფილმში ქრონოლოგიურად ენაცვლება ერთმანეთს ჩარლი ჩაპლინის ცხოვრების ამსახველი კადრები.
ალექსი, მარტი და ზოოპარკის სხვა ცხოველები პოულობენ მადაგასკარიდან თავის დაღწევის გზას, როდესაც პინგვინები აწყობენ დანგრეულ თვითმფრინავს. არასტაბილურად გარემონტებული ხომალდი ჰაერში იმდენ ხანს რჩება, რომ აფრიკის კონტინენტზე მოხვდეს. იქ ნიუ-იორკელები პირველად ხვდებიან საკუთარი სახეობის წარმომადგენლებს. აფრიკა ველური ადგილია, მაგრამ ალექსს და კომპანიას აინტერესებთ, უკეთესია თუ არა ის, ვიდრე ცენტრალური პარკის სახლი.
როდესაც კუნალსა და სამირას ბინის მეპატრონე იმის გამო გამოაგდებს სახლიდან, რომ მათ არ აცდუნონ მისი ძმისშვილი მომხიბვლელი ნეჰა, ისინი გადაწყვეტენ გეებად წარუდგინონ თავი. მაგრამ გამოჩნდება ლამაზმანი ნეჰა და მათ მეგობრობას კიდევ უფრო დიდი გამოცდა ელის.