성 밖 늪지대에 사는 엄청나게 못생기고 무지무지 큰 괴물 슈렉. 지저분한 진흙으로 샤워를 즐기고 동화책은 화장실 휴지 삼아 쓰는 그는 혼자만의 시간을 즐긴다. 그러던 어느 날, 자신만의 고요한 안식처에 백설공주, 신데렐라, 빗자루를 타고 다니는 마녀, 피리부는 아저씨, 피터팬, 피노키오 등등.. 동화속의 주인공들이 모두 쳐들어온다. 그 중에서도 가장 귀찮은 건 쉴새없이 떠들어대는 당나귀 덩키. 알고보니 얼굴이 몸의 반을 차지하는 1m도 안되는 숏다리 파콰드영주가 동화속의 주인공들을 다 쫓아낸것. 결국 슈렉은 파콰드영주와 담판을 지으러 떠난다. 하지만 일은 이상하게 꼬여 결국 파콰드영주 대신 불뿜는 용의 성에 갇힌 피오나 공주를 구하러 떠나게 되는데..

제2차 세계대전 패전 후 일본, 초고속 경제성장을 이루며 극심한 빈부격차가 발생함과 동시에 무장 반정부세력 ‘섹트’의 세력이 더욱 커져가던 혼돈의 시기. ‘섹트’의 테러가 극렬해지자 이를 진압하기 위해 독자적인 권한과 군사력을 가진 수도권 치안 경찰기구 수도경 특기대를 창설한다. 그리고 비밀 첩보 암살팀 ‘인랑’에 대한 무성한 소문이 떠돌게 된다. 특기대 최정예요원 ‘후세 카즈키’는 임무 수행 중 ‘섹트’의 빨간 두건단(폭발물 운반하는 여자나 아이)을 맞닥뜨리지만, 제압하지 못하고 망설이던 찰나 소녀는 스스로 자폭한다. 그날의 트라우마와 죄책감으로 인해 찾아간 소녀의 납골당에서 그녀의 언니를 만나게 되는데… 운명을 거스르고, 사랑을 선택할 수 있겠는가?

더 크고 신나는 세상! "겁나먼" 왕국에서 펼쳐지는 끝없는 상상! 꿈결같은 허니문에서 돌아온 슈렉과 피오나. 이 행복한 녹색 커플은 "겁나먼" 왕국의 왕과 왕비인 피오나의 부모님으로부터 초청장을 받는다. 드디어 도착한 왕국에는 모든 시민들이 기대에 부풀어 그들을 기다리고 있는데... 덜리는 맘으로 슈렉이 모습을 드러내는 순간, 멋진 왕자를 기대했던 모든 이들은 기절초풍! 초록색이 되어버린 공주는 말할 것도 없이 말이다. 발칵 뒤집힌 "겁나먼" 왕국. 이제 이 충격적인 사건을 해결하기 위해 만만치 않은 강적들이 속속 등장한다. 업계 1위의 괴물 전문 킬러 '장화신은 고양이', 퍼펙트한 외모의 왕자 '프린스 챠밍', 신비한 힘을 가진 요정 대모까지. 성가신 건 질색인 슈렉에게 터져버린 대형 사고! 또 다시 의도하지 않은 사건에 휘말린 슈렉 패밀리 앞에 상상할 수 없는 예측 불허의 모험들이 펼쳐지는데...