في الجزء الثالث من السلسلة الشهيرة تهرب (إلين ريبلي) من كوكب الكائنات الفضائية الغريبة، لكن تتعطل السفينة الفضائية في مصفاة بترول نائية، تضطر للبقاء إلى أن يتم إنقاذها بواسطة زملائها، لكن يبدأ كابوس الفضائيين المخيف في الظهور مرة أخرى، وتبدأ في مقاتلة القاطنين في تلك المناطق النائية، فهل ستستطيع (إلين) مقاتلتهم ثانية؟
في إطار من التشويق والخيال العلمي، تدور الأحداث حول طفلين ينطلقان في مغامرة مع والدهما، والذي يحاول توفير الحماية اللازمة لهما من مخاطر الغزو الفضائي.
تدور قصة الفيلم حول إيلين ريبلي التي يتم إحيائها بعد 200 عاما من وفاتها، بعد تهجينها لتجمع بين صفات البشر وكذلك الكائنات الفضائية وما يتحتم عليها من أعمال لمواجهة تلك الكائنات الفضائية.
للعثور على الحقيقة ، يجب أن تؤمن. بعد ست سنوات من أحداث خاتمة سلسلة ملفات X ، أصبحت عميلة مكتب التحقيقات الفيدرالي السابقة الدكتورة دانا سكالي الآن طبيبة في مستشفى سيدة الأحزان ، وهو مستشفى كاثوليكي ، وتعالج صبيا يدعى كريستيان مصابا بمرض ساندهوف ، وهو حالة دماغية نهائية. يصل عميل مكتب التحقيقات الفيدرالي طبل لطلب مساعدة سكالي في تحديد مكان فوكس مولدر، الرئيس السابق الهارب لقسم ملفات X ، ويقول إنهم سيلغون مطاردته إذا كان سيساعد في التحقيق في اختفاء العديد من النساء ، بما في ذلك عميلة مكتب التحقيقات الفيدرالي الشابة مونيكا بانان. يتم استدعاء مولدر وسكالي مرة أخرى إلى الخدمة من قبل مكتب التحقيقات الفيدرالي عندما يدعي كاهن سابق أنه يتلقى رؤى نفسية تتعلق بعميل مختطف.