A trama é sobre o médico Miles Bennell. Após voltar de um congresso para a sua cidade natal, ele se depara com um fenômeno estranho: diversas pessoas afirmam que seus parentes não são os mesmos, apesar de manterem a aparência física e as lembranças. Incrédulo no início, aos poucos Bennell vai descobrindo que tudo faz parte de uma invasão alienígena, que assume a forma das pessoas para conquistar seu objetivo.

Os Marretas descobrem que Gonzo é, na verdade, um extraterrestre, e que seus pais estão prestes a visitá-lo. Quando agentes do governo o sequestram, na tentativa de descobrir quando os alienígenas chegarão à Terra, cabe a Cocas e Miss Piggy a tarefa de liderar a equipa de resgate.

Uma cientista de renome (Jennifer Connelly) encontra-se face a face com extra-terrestre chamado Klaatu (Keanu Reeves), que viajou pelo universo para avisar a Terra de uma crise global eminente. Rapidamente descobre as implicações mortíferas da afirmação de Klaatu quando este lhe diz que é "um amigo da Terra". Agora ela tem que encontrar forma de convencer a entidade que foi enviada para nos destruir de que vale a pena salvar a humanidade. Mas pode ser tarde demais...

Em busca de uma saída para evitar a destruição de seu planeta, seres extra-terrestres chegam à Terra. Eles possuem a forma de seres humanos, mas são bem menores. Para observar e aprender sobre a rotina terráquea eles passam a abrigar naves que tem o formato de humanos normais. Uma delas é Dave (Eddie Murphy), que precisa agir como uma pessoa normal para não despertar suspeitas.