Bill Markham je inženjer koji sa obitelji seli u Brazil kako bi završio izgradnju velike brane hidroelektrane. Kada s obitelji ode na piknik kako bi uživali u prirodi te usput provjerili kako napreduje brana, njegovog sina Tommyja otme domorodačko pleme jer smatraju kako nije pošteno ostaviti dječaka s tim čudnim ljudima koji uništavaju svijet. Kada Bill shvati kako mu sina nema već je kasno. On je zauvijek nestao. Tommy vrlo brzo postane dio domorodačke zajednice, ali njegov otac ne odustaje od potrage za njim.

Miroljubivi obiteljski čovjek Bryan Mills (bivši agent zanimljive i bogate prošlosti) ne bježi više od najgorih zlikovaca današnjice, nego od ujedinjenih policijskih snaga Los Angelesa, CIA-je i FBI-ja. Njih će regrutirati Frank Dotzler nakon što Mills pobjegne tijekom uhićenja običnim murjacima. Naime, Bryanu je netko namjestio ubojstvo bivše supruge, a u opasnosti će se naći i njegova kćer Kim koja je sada uspješna studentica sveučilišta UCLA.

Radnja filma smještena je u blisku budućnost, a elitna jedinica G.I. Joe koristi najnoviju špijunsku i vojnu tehnologiju kako bi zaustavili krijumčara oružjem Destroa i rastuću prijetnju misteriozne organizacije Cobra koja svijet namjerava pretvoriti u kaos. Dvojica prijatelja, Duke i Ripcord (Tatum i Wayans) novopridošlice u G.I. Joe jedinici prvo će morati izaći na kraj s najnovijom tehnologijom s kakvom se do sada nisu susreli, a nakon toga pokušat će zaustaviti duplo jačeg neprijatelja...