Etter hendelsen kalt "The Second Impact" blir Tokyo-3 angrepet av gigantiske skapninger kalt engler som prøver å utrydde menneskeheten. Gutten Shinji har som mål å bekjempe englene ved å føre en av de mystiske Evangelion mecha-enhetene. En nyinnspilling av de seks første episodene av GAINAXs berømte anime-serie fra 1996. Filmen fikk tittelen "Evangelion: 1.01" for DVD-utgivelsen og "Evangelion: 1.11" for en utgivelse med flere scener.

Dave Lizewski er en ubemerket videregående student og tegneserie-fan som en dag bestemmer seg for å bli en superhelt, selv om han ikke har noen superkrefter, trening eller meningsfylt grunn til å gjøre det.