Šarmantni odmetnuti pirat kapetan Jack Sparrow se vratio. Sada Jack mora platiti dug u krvi: duguje svoju dušu legendarnom Davyju Jonesu, sablasnom vladaru oceanskih dubina, ali uvijek lukavi Jack neće se predati bez borbe.
U veljači 2000. iz američke vojne baze u Južnoj Koreji ispuštene su toksične kemikalije u rijeku Han. Šest godina kasnije, iz rijeke izranja čudovišna riba-gmaz i počne napadati stanovnike Seula. Čudovište zgrabi djevojčicu Hyun-seo i odnese ju sa sobom u rijeku, a njen otac, ostali članovi njegove obitelji i drugi građani koji su došli u dodir s nemani, završe u karanteni. Gang-du dobije mobitelski poziv od kćeri koja mu priopći da je preživjela napad čudovišta i da se nalazi u gradskoj kanalizaciji. Pošto mu vlasti ne vjeruju, misleći da se radi o iluziji oca shrvanog od boli, Gang-du i ostali članovi obitelji bježe iz karantene kako bi spasili Hyun-seo.
Sudbina čovječanstva visi o niti kad okrutni princ probudi vojsku stvorova i započne rat. Hellboy i ekipa moraju se suprotstaviti silama tame.
Okrutna kraljica Gedren otme Talisman, tajanstveni predmet kojim je stvoren čitav svemir, kako bi zavladala svijetom. Pri tome ubije i sve čuvarice Talismana, osim Varne, jedine koja uspije pobjeći, iako teško ranjena. Varnu od Gedreninih vojnika spasi ratnik Kalidor, i Varna od njega zatraži da potraži njezinu sestru Sonju. Kalidor pronađe Sonju i odvede ju sestri, koja od nje na samrti zatraži da uništi Talisman i spriječi Gedren u njenin planovima. Sonja obeća i kreće u osvetnički pohod, jer i sama ima osobnih razloga za obračun sa Gedren. Kalidor se pridružuje Sonji u pohodu, a putem im se priključuju i mladi princ Tarn, i njegov čuvar Falkon.
Edward Carnby (Christian Slater) je detektiv koji se bavi istraživanjem paranormalnih, neobjašnjivih i nadnaravnih slučajeva. Edward istražuje misterioznu smrt prijatelja, a trag ga odvodi do otoka Shadow gdje se suočava s pravim hororom. Naime, Edward doznaje da se demoni koje obožava stara kultura Abskani namjeravaju vratiti u život u 21 stoljeću kako još jednom zavladali svijetom. Njima na putu stoje samo Edward, mladi genijalni antropolog s nevjerojatnom memorijom te Edwardova bivša djevojka Aline.